cryspy-Eplot
最終更新日：2026年10月16日
cryspy-Eplot コマンド
CrySPY version 1.4.1以降では，cryspy-Eplotコマンドがインストールされる．
EA-vcでは，デフォルトで各世代の計算終了時に凸包図が自動的に生成・保存される．出力間隔の変更や自動出力の無効化は，[option]セクションのenergy_output_intervalで指定する（入力ファイル > [option] Sectionを参照）．
後から描画パラメータを変更したい場合は，cryspy-Eplotコマンドを用いて再描画できる．
変更できる入力パラメーターは以下のページを参考．
実行方法とオプション
cryspy.inがあるディレクトリで，下記コマンドを実行．
| Option | Description |
|---|---|
-c, --composition-window | cryspy.inで指定された組成範囲を描画した図を保存する．詳細は組成範囲の確認を参照． |
エネルギープロット（RS，EA）
凸包プロット（EA-vc）
通常プロット（2元系，3元系）
世代を指定した再描画
凸包は第3世代，表示する構造は第2世代を指定した例．
組成制限がある場合の描画
組成制限を設定した2元系・3元系の描画例．青色の領域が組成の許容範囲を表す．
組成範囲の確認（-c）
version 1.5.0以降では，組成制限が設定されている場合に，-cオプションを用いて許容される組成範囲をプロットできる．
EA-vcでmin_compまたはmax_compを指定している場合，次のコマンドで，現在のcryspy.inに設定された組成の許容範囲を描画できる．
探索結果のデータを必要としないため，探索を開始する前でも入力した組成制限を確認できる．
通常の2元系・3元系では，図は./data/convex_hull/composition_window_input.<fig_format>に保存される．
fig_formatのデフォルトはsvgであり，[visual]セクションでpngやpdfにも変更できる．
原子種の配置は，同じく[visual]セクションのaxis_orderで指定する．
ファイル名のinputは，世代番号によらず，実行時の入力に基づく図であることを表す．
以下は2元系・3元系の描画例．
この図はmin_compとmax_compから求めた連続的な組成領域を表す．
ll_nat・ul_natによる整数の原子数の制約や，chargeによる電荷中性条件は反映されない．
入力例や図の見方は組成制限を参照．
-cを指定した場合は組成範囲の図を出力して終了する．
探索結果のエネルギーや凸包を再描画する場合は，-cを付けずにcryspy-Eplotを実行する．
軸の配置変更
cryspy.inの[visual]セクションでaxis_orderを変更し，cryspy-Eplotを実行すると，原子種の配置を変更して再描画できる．
設定の詳細はチュートリアル > EA-vc > 解析と可視化および入力ファイル > [visual]セクションを参照．
2元系では，atypeの順にl（左）とr（右）を指定する．
左はaxis_order = lr，右はaxis_order = rlの例．
3元系では，atypeの順にt（上），l（左），r（右）を指定する．
左はaxis_order = tlr，右はaxis_order = ltrの例．
化合物を基準とした凸包（terminals）
cryspy.inの[visual]セクションでterminalsに2つまたは3つの化合物組成を指定すると，それらを基準とした凸包を描画できる．
この処理にはpymatgenのCompoundPhaseDiagramを使用している．
基準となる化合物組成の選び方により，3元系を擬3元系として，4元系を擬3元系として描画することもできる．ここでは，3元系を擬2元系として描画する例を示す．
この設定はcryspy-Eplotによる事後解析用であり，探索中の凸包計算や自然選択には影響しない．
以下は，3元系のLi–Al–Oに電荷中性条件を課し，第30世代まで探索した例．[structure]セクションでは次のように設定している．
この電荷中性条件を満たす組成は，3元系の組成図ではLi2OとAl2O3を結ぶ直線上にある．そのため，これらの化合物組成を基準にすることで，Li2O–Al2O3の擬2元系として凸包を描画できる．電荷中性条件の設定については，機能 > 電荷中性条件を参照．
左は元素を基準とした3元系の凸包，右はLi2OとAl2O3を基準とした擬2元系の凸包．
右の図は，[visual]セクションを以下のように設定してcryspy-Eplotを実行すると得られる．
出力ファイル名には，基準とした化合物組成を表す_terminals_Li2O-Al2O3が付く．この例では，デフォルトのsvg形式で./data/convex_hull/conv_hull_gen_30_terminals_Li2O-Al2O3.svgに保存される．
化合物組成を2つ指定した場合，terminal_axis_orderを省略するとデフォルトのlrが使われ，terminalsの指定順にLi2Oが左，Al2O3が右に配置される．
指定した各化合物組成のデータが，描画に用いる相図データに含まれている必要がある．
パラメータの詳細は入力ファイル > [visual]セクションを参照．