cryspy-extract-struc

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-extract-struc コマンド

v1.5.0以降では，cryspy-extract-strucコマンドでinit_struc_data.pklやopt_struc_data.pklから構造を抽出し，cifファイルとして保存できる． CrySPY Utilityのextract_struc.pyをCrySPYに組み込んだコマンド．ファイル出力せず，構造情報を画面に表示することもできる．

実行方法とオプション

cryspy-extract-struc infile [options]

入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．cifファイルはコマンドを実行したディレクトリに保存される． -i，-a，-tのいずれか1つを指定する．これらは併用できない．

引数・オプション	説明
`infile`	構造データのpickleファイル．`init_struc_data.pkl`，`opt_struc_data.pkl`など．gzip圧縮したファイルも読み込み可能．
`-i INDEX [INDEX ...]`, `--index INDEX [INDEX ...]`	抽出する構造IDを指定する．複数指定可能．
`-a`, `--all_id`	入力ファイル内の全構造を抽出する．
`-t TOP`, `--top TOP`	`rslt_data.pkl`の`E_eV_atom`が低い順に，指定した構造数を抽出する．
`-p`, `--print`	cifを出力せず，構造情報を画面に表示する．
`-r`, `--rank`	`-t`と併用し，出力ファイル名の先頭に順位を付ける．
`-s`, `--symmetrized`	対称性情報付きのcifを出力する．
`--tolerance TOLERANCE`	`-s`で対称性を判定する際の許容値．デフォルトは`0.01`．
`-h`, `--help`	ヘルプを表示する．

使用例

構造IDを指定して抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1

構造IDが0，1の構造を，カレントディレクトリの0.cif，1.cifに保存する．存在しないIDは警告を出してスキップする．

構造情報を表示

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1 -p

-pを付けると，cifファイルを作成せず，構造IDと構造情報を画面に表示する．

エネルギー上位の構造を抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3

エネルギーが低い順に3構造を抽出する．入力ファイルと同じディレクトリにrslt_data.pklが必要．出力ファイル名は{ID}.cifとなる．

-rも指定すると，順位を含む{rank}_{ID}.cifとなる．順位は1から始まる．

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3 -r

全構造を抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/init_struc_data.pkl -a

全初期構造を{ID}.cifとして保存する．

対称性情報付きで出力

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1 -s --tolerance 0.01

-sを付けると，空間群などの対称性情報を含むcifを出力する．--toleranceは省略可能．対称性情報を付ける際に，セルの表現や原子数が変わる場合がある．

gzip圧縮したファイルから抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl.gz -i 0 1

gzip圧縮した構造データは，展開せずに読み込める．-a，-t，-p，-sなども同様に使用できる． -tを使う場合は，圧縮した入力ファイルと同じディレクトリにrslt_data.pklを置く．