https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_extract_struc/index.html最終更新日：2026年10月16日 cryspy-extract-struc コマンド v1.5.0以降では，cryspy-extract-strucコマンドでinit_struc_data.pklやopt_struc_data.pklから構造を抽出し，cifファイルとして保存できる． CrySPY Utilityのextract_struc.pyをCrySPYに組み込んだコマンド．ファイル出力せず，構造情報を画面に表示することもできる． 実行方法とオプション cryspy-extract-struc infile [options] 入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．cifファイルはコマンドを実行したディレクトリに保存される． -i，-a，-tのいずれか1つを指定する．これらは併用できない． 引数・オプション 説明 infile 構造データのpickleファイル．init_struc_data.pkl，opt_struc_data.pklなど．gzip圧縮したファイルも読み込み可能． -i INDEX [INDEX ...], --index INDEX [INDEX ...] 抽出する構造IDを指定する．複数指定可能． -a, --all_id 入力ファイル内の全構造を抽出する． -t TOP, --top TOP rslt_data.pklのE_eV_atomが低い順に，指定した構造数を抽出する． -p, --print cifを出力せず，構造情報を画面に表示する． -r, --rank -tと併用し，出力ファイル名の先頭に順位を付ける． -s, --symmetrized 対称性情報付きのcifを出力する． --tolerance TOLERANCE -sで対称性を判定する際の許容値．デフォルトは0.01． -h, --help ヘルプを表示する． 使用例 構造IDを指定して抽出 cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1 構造IDが0，1の構造を，カレントディレクトリの0.cif，1.cifに保存する．存在しないIDは警告を出してスキップする．Hugoja