cryspy-print

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-print コマンド

v1.5.0以降では，cryspy-printコマンドでdata/pkl_data/にあるpickleファイルの内容を確認できる． CrySPY Utilityのprint_pkl.pyに代わるコマンドで，ファイルの種類に応じて内容や要約を表示する． rslt_data.pklでは，エネルギー順の表示，表示行数の指定，組成による絞り込み，結果ファイルの再出力もできる．

実行方法とオプション

cryspy-print infile [options]

入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．gzip圧縮したファイルも読み込み可能．ファイルの種類はファイル名で判別するため，rslt_data.pklなどの名前を変更せずに指定する．

引数・オプション	説明
`infile`	表示するpickleファイル．gzip圧縮したファイル（例：`rslt_data.pkl.gz`）も指定可能．
`--no-sort`	`rslt_data.pkl`をソートせず，保存されている行順で表示する．
`--head N`	絞り込み・ソート後の先頭`N`行を表示する．`N`は正の整数．
`--tail N`	絞り込み・ソート後の末尾`N`行を表示する．`N`は正の整数．
`--all`	絞り込み・ソート後の全行を表示する．
`-c N [N ...]`, `--composition N [N ...]`	EA-vcの`rslt_data.pkl`を，`atype`の順に指定した組成比で絞り込む．
`--write`	`rslt_data.pkl`から`./data/cryspy_rslt`と`./data/cryspy_rslt_energy_asc`を再出力する．
`-h`, `--help`	ヘルプを表示する．

--no-sort，--head，--tail，--all，--composition，--writeはrslt_data.pkl用のオプション． --head，--tail，--allは併用できない．--writeは表示用オプションと併用できない．

対応ファイルと表示内容

ファイル	表示内容
`input_data.pkl`	セクションごとの入力設定．値が`None`の項目は表示しない．
`init_struc_data.pkl`，`opt_struc_data.pkl`，`struc_step_data.pkl`，`elite_struc.pkl`，`init_dscrpt_data.pkl`，`opt_dscrpt_data.pkl`	保存されているデータの件数（`Number of structures`）．構造ID一覧は表示しない．
`rslt_data.pkl`	計算結果の表．デフォルトはエネルギーが低い順．
`hdist_data.pkl`	最新世代と，その世代の構造数．空の場合は`No hull distance data`．
`pd_data.pkl`	最新世代と，その世代の安定エントリー数・全エントリー数．空の場合は`No phase diagram data`．
`cn_comb_data.pkl`	電荷中性条件の設定と，電荷中性を満たす組み合わせの数．`cn_comb`が`None`の場合はその旨を表示する．

以下のファイルは内容を整形して表示する．

共通：id_queueing.pkl，id_running.pkl，energy_step_data.pkl，force_step_data.pkl，stress_step_data.pkl，kpt_data.pkl，rng_state_data.pkl
EA：gen.pkl，ea_info.pkl，ea_origin.pkl，elite_fitness.pkl
EA-vc：nat_data.pkl
BO：n_selection.pkl，id_select_hist.pkl，bo_mean.pkl，bo_var.pkl，bo_score.pkl
LAQA：tot_step_select.pkl，laqa_energy.pkl，laqa_bias.pkl，laqa_score.pkl，laqa_step.pkl，laqa_struc.pkl

対応していないファイル名を指定するとエラーになる．

使用例

構造数・入力設定・fitnessの確認

cryspy-print ./data/pkl_data/init_struc_data.pkl

10件のデータが保存されている場合の表示：

Number of structures: 10

opt_struc_data.pklやelite_struc.pklも同様に構造数を表示する．個々の構造を確認するには，cryspy-extract-strucの-pオプションを使用する．

cryspy-print ./data/pkl_data/input_data.pkl
cryspy-print ./data/pkl_data/elite_fitness.pkl

input_data.pklは[basic]，[structure]などのセクションごとに設定を表示する． elite_fitness.pklは構造IDとfitnessの辞書を表示する．

計算結果の表示

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl

Ef_eV_atom列がある場合はその値，ない場合はE_eV_atomの昇順で表示する． 100行以下なら全行を表示する．100行を超える場合は件数とソート条件を表示し，先頭100行を表示する．

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --head 10
cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --tail 5
cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --all

それぞれ，エネルギーが低い順に並べた表の先頭10行，末尾5行，全行を表示する．保存されている行順で表示する場合は--no-sortを指定する．表示行数の指定とも併用できる．

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --no-sort --head 10

EA-vcの結果を組成で絞り込み

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl -c 1 2 --head 10

atypeの順で組成比が1:2の構造に絞り込み，エネルギーが低い順に先頭10行を表示する．原子数が(1, 2)，(2, 4)など，比が等しい構造が対象となる．元素数と同じ数の非負整数を指定し，少なくとも1つは正の整数にする．このオプションには，Num_atom列を持つEA-vcの結果が必要．該当する構造がない場合はその旨を表示する．

具体的な表示結果は，チュートリアル > EA-vc > 結果の確認 > 組成を指定して結果を確認を参照．

gzip圧縮したファイルの確認

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl.gz --head 10

展開せずに読み込める．他の対応ファイルも同様にgzip圧縮したまま指定できる．

結果ファイルの再出力

cryspy.inがある実行ディレクトリで，次のように実行する．

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --write

以下のファイルを再出力する．既存のファイルは上書きされる．

./data/cryspy_rslt：保存されている行順の結果表．
./data/cryspy_rslt_energy_asc：Ef_eV_atom（列がなければE_eV_atom）の昇順の結果表．

出力先はコマンドを実行したディレクトリのdata/で，このディレクトリが必要．実行内容はlog_cryspyにも記録される．