コマンド

メインコマンド

cryspy

サブコマンド

cryspy-Eplot（v1.4.1以降）
cryspy-calc-convex-hull（v1.4.2以降）
cryspy-skip（v1.4.2以降）
cryspy-print（v1.5.0以降）
cryspy-extract-struc（v1.5.0以降）

cryspy-Eplot

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-Eplot コマンド

CrySPY version 1.4.1以降では，cryspy-Eplotコマンドがインストールされる． EA-vcでは，デフォルトで各世代の計算終了時に凸包図が自動的に生成・保存される．出力間隔の変更や自動出力の無効化は，[option]セクションのenergy_output_intervalで指定する（入力ファイル > [option] Sectionを参照）．後から描画パラメータを変更したい場合は，cryspy-Eplotコマンドを用いて再描画できる．

変更できる入力パラメーターは以下のページを参考．

CrySPY > 入力ファイル > [visual]セクション

実行方法とオプション

cryspy.inがあるディレクトリで，下記コマンドを実行．

cryspy-Eplot [options]

Option	Description
`-c`, `--composition-window`	`cryspy.in`で指定された組成範囲を描画した図を保存する．詳細は組成範囲の確認を参照．

エネルギープロット（RS，EA）

凸包プロット（EA-vc）

通常プロット（2元系，3元系）

CrySPY > チュートリアル > EA-vc > 解析と可視化

世代を指定した再描画

CrySPY > チュートリアル > EA-vc > 解析と可視化 > cryspy-Eplotを用いた再プロット

凸包は第3世代，表示する構造は第2世代を指定した例．

組成制限がある場合の描画

CrySPY > 機能 > 組成制限

組成制限を設定した2元系・3元系の描画例．青色の領域が組成の許容範囲を表す．

組成範囲の確認（`-c`）

version 1.5.0以降では，組成制限が設定されている場合に，-cオプションを用いて許容される組成範囲をプロットできる．

EA-vcでmin_compまたはmax_compを指定している場合，次のコマンドで，現在のcryspy.inに設定された組成の許容範囲を描画できる．探索結果のデータを必要としないため，探索を開始する前でも入力した組成制限を確認できる．

cryspy-Eplot -c

通常の2元系・3元系では，図は./data/convex_hull/composition_window_input.<fig_format>に保存される． fig_formatのデフォルトはsvgであり，[visual]セクションでpngやpdfにも変更できる．原子種の配置は，同じく[visual]セクションのaxis_orderで指定する．ファイル名のinputは，世代番号によらず，実行時の入力に基づく図であることを表す．

以下は2元系・3元系の描画例．

この図はmin_compとmax_compから求めた連続的な組成領域を表す． ll_nat・ul_natによる整数の原子数の制約や，chargeによる電荷中性条件は反映されない．入力例や図の見方は組成制限を参照．

-cを指定した場合は組成範囲の図を出力して終了する．探索結果のエネルギーや凸包を再描画する場合は，-cを付けずにcryspy-Eplotを実行する．

軸の配置変更

cryspy.inの[visual]セクションでaxis_orderを変更し，cryspy-Eplotを実行すると，原子種の配置を変更して再描画できる．設定の詳細はチュートリアル > EA-vc > 解析と可視化および入力ファイル > [visual]セクションを参照．

2元系では，atypeの順にl（左）とr（右）を指定する．左はaxis_order = lr，右はaxis_order = rlの例．

3元系では，atypeの順にt（上），l（左），r（右）を指定する．左はaxis_order = tlr，右はaxis_order = ltrの例．

化合物を基準とした凸包（`terminals`）

cryspy.inの[visual]セクションでterminalsに2つまたは3つの化合物組成を指定すると，それらを基準とした凸包を描画できる．この処理にはpymatgenのCompoundPhaseDiagramを使用している．基準となる化合物組成の選び方により，3元系を擬3元系として，4元系を擬3元系として描画することもできる．ここでは，3元系を擬2元系として描画する例を示す．この設定はcryspy-Eplotによる事後解析用であり，探索中の凸包計算や自然選択には影響しない．

以下は，3元系のLi–Al–Oに電荷中性条件を課し，第30世代まで探索した例．[structure]セクションでは次のように設定している．

[structure]
atype = Li Al O
ll_nat = 0 0 0
ul_nat = 40 40 40
charge = 1 3 -2

この電荷中性条件を満たす組成は，3元系の組成図ではLi2OとAl2O3を結ぶ直線上にある．そのため，これらの化合物組成を基準にすることで，Li2O–Al2O3の擬2元系として凸包を描画できる．電荷中性条件の設定については，機能 > 電荷中性条件を参照．

左は元素を基準とした3元系の凸包，右はLi2OとAl2O3を基準とした擬2元系の凸包．

右の図は，[visual]セクションを以下のように設定してcryspy-Eplotを実行すると得られる．

[visual]
terminals = Li2O Al2O3

cryspy-Eplot

出力ファイル名には，基準とした化合物組成を表す_terminals_Li2O-Al2O3が付く．この例では，デフォルトのsvg形式で./data/convex_hull/conv_hull_gen_30_terminals_Li2O-Al2O3.svgに保存される．

化合物組成を2つ指定した場合，terminal_axis_orderを省略するとデフォルトのlrが使われ，terminalsの指定順にLi2Oが左，Al2O3が右に配置される．指定した各化合物組成のデータが，描画に用いる相図データに含まれている必要がある．パラメータの詳細は入力ファイル > [visual]セクションを参照．

cryspy-calc-convex-hull

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-calc-convex-hull コマンド

EA-vcの指定世代までの結果を使って，凸包と各構造のhull distanceを再計算するコマンド． cryspy-skipで不適切な構造を除外した後や，emin_ea・emax_eaでエネルギーの除外条件を変更した後に使用する．

CrySPYの計算ディレクトリで，世代番号を指定して実行する．

cryspy-calc-convex-hull 10

この例では，第1〜10世代の結果を使って，第10世代時点の凸包とhull distanceを再計算する． pd_data.pklとhdist_data.pklの該当世代のデータ，hull distanceの一覧を更新し，2元系・3元系では凸包の図も出力する．

詳しい手順は機能 > 計算のスキップを参照．

cryspy-skip

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-skip コマンド

rslt_data.pklに記録済みの計算結果を取り消し，指定した構造をskip扱いにするコマンド．正しくない電子状態などにより，異常なエネルギーが記録された場合に使用する．

CrySPYの計算ディレクトリで，構造IDを指定して実行する．複数のIDも指定できる．

cryspy-skip 198 157

この例では，ID 198と157の最適化構造とエネルギーを無効化し，計算結果のOptをskipに更新する． EA・EA-vcでは，エリートに登録されている場合はそのデータからも取り除く． EA-vcでは，必要に応じてcryspy-calc-convex-hullで凸包を再計算する．

詳しい手順や，計算途中でスキップする方法は機能 > 計算のスキップを参照．

cryspy-print

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-print コマンド

v1.5.0以降では，cryspy-printコマンドでdata/pkl_data/にあるpickleファイルの内容を確認できる． CrySPY Utilityのprint_pkl.pyに代わるコマンドで，ファイルの種類に応じて内容や要約を表示する． rslt_data.pklでは，エネルギー順の表示，表示行数の指定，組成による絞り込み，結果ファイルの再出力もできる．

実行方法とオプション

cryspy-print infile [options]

入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．gzip圧縮したファイルも読み込み可能．ファイルの種類はファイル名で判別するため，rslt_data.pklなどの名前を変更せずに指定する．

引数・オプション	説明
`infile`	表示するpickleファイル．gzip圧縮したファイル（例：`rslt_data.pkl.gz`）も指定可能．
`--no-sort`	`rslt_data.pkl`をソートせず，保存されている行順で表示する．
`--head N`	絞り込み・ソート後の先頭`N`行を表示する．`N`は正の整数．
`--tail N`	絞り込み・ソート後の末尾`N`行を表示する．`N`は正の整数．
`--all`	絞り込み・ソート後の全行を表示する．
`-c N [N ...]`, `--composition N [N ...]`	EA-vcの`rslt_data.pkl`を，`atype`の順に指定した組成比で絞り込む．
`--write`	`rslt_data.pkl`から`./data/cryspy_rslt`と`./data/cryspy_rslt_energy_asc`を再出力する．
`-h`, `--help`	ヘルプを表示する．

--no-sort，--head，--tail，--all，--composition，--writeはrslt_data.pkl用のオプション． --head，--tail，--allは併用できない．--writeは表示用オプションと併用できない．

対応ファイルと表示内容

ファイル	表示内容
`input_data.pkl`	セクションごとの入力設定．値が`None`の項目は表示しない．
`init_struc_data.pkl`，`opt_struc_data.pkl`，`struc_step_data.pkl`，`elite_struc.pkl`，`init_dscrpt_data.pkl`，`opt_dscrpt_data.pkl`	保存されているデータの件数（`Number of structures`）．構造ID一覧は表示しない．
`rslt_data.pkl`	計算結果の表．デフォルトはエネルギーが低い順．
`hdist_data.pkl`	最新世代と，その世代の構造数．空の場合は`No hull distance data`．
`pd_data.pkl`	最新世代と，その世代の安定エントリー数・全エントリー数．空の場合は`No phase diagram data`．
`cn_comb_data.pkl`	電荷中性条件の設定と，電荷中性を満たす組み合わせの数．`cn_comb`が`None`の場合はその旨を表示する．

以下のファイルは内容を整形して表示する．

共通：id_queueing.pkl，id_running.pkl，energy_step_data.pkl，force_step_data.pkl，stress_step_data.pkl，kpt_data.pkl，rng_state_data.pkl
EA：gen.pkl，ea_info.pkl，ea_origin.pkl，elite_fitness.pkl
EA-vc：nat_data.pkl
BO：n_selection.pkl，id_select_hist.pkl，bo_mean.pkl，bo_var.pkl，bo_score.pkl
LAQA：tot_step_select.pkl，laqa_energy.pkl，laqa_bias.pkl，laqa_score.pkl，laqa_step.pkl，laqa_struc.pkl

対応していないファイル名を指定するとエラーになる．

使用例

構造数・入力設定・fitnessの確認

cryspy-print ./data/pkl_data/init_struc_data.pkl

10件のデータが保存されている場合の表示：

Number of structures: 10

opt_struc_data.pklやelite_struc.pklも同様に構造数を表示する．個々の構造を確認するには，cryspy-extract-strucの-pオプションを使用する．

cryspy-print ./data/pkl_data/input_data.pkl
cryspy-print ./data/pkl_data/elite_fitness.pkl

input_data.pklは[basic]，[structure]などのセクションごとに設定を表示する． elite_fitness.pklは構造IDとfitnessの辞書を表示する．

計算結果の表示

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl

Ef_eV_atom列がある場合はその値，ない場合はE_eV_atomの昇順で表示する． 100行以下なら全行を表示する．100行を超える場合は件数とソート条件を表示し，先頭100行を表示する．

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --head 10
cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --tail 5
cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --all

それぞれ，エネルギーが低い順に並べた表の先頭10行，末尾5行，全行を表示する．保存されている行順で表示する場合は--no-sortを指定する．表示行数の指定とも併用できる．

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --no-sort --head 10

EA-vcの結果を組成で絞り込み

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl -c 1 2 --head 10

atypeの順で組成比が1:2の構造に絞り込み，エネルギーが低い順に先頭10行を表示する．原子数が(1, 2)，(2, 4)など，比が等しい構造が対象となる．元素数と同じ数の非負整数を指定し，少なくとも1つは正の整数にする．このオプションには，Num_atom列を持つEA-vcの結果が必要．該当する構造がない場合はその旨を表示する．

具体的な表示結果は，チュートリアル > EA-vc > 結果の確認 > 組成を指定して結果を確認を参照．

gzip圧縮したファイルの確認

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl.gz --head 10

展開せずに読み込める．他の対応ファイルも同様にgzip圧縮したまま指定できる．

結果ファイルの再出力

cryspy.inがある実行ディレクトリで，次のように実行する．

cryspy-print ./data/pkl_data/rslt_data.pkl --write

以下のファイルを再出力する．既存のファイルは上書きされる．

./data/cryspy_rslt：保存されている行順の結果表．
./data/cryspy_rslt_energy_asc：Ef_eV_atom（列がなければE_eV_atom）の昇順の結果表．

出力先はコマンドを実行したディレクトリのdata/で，このディレクトリが必要．実行内容はlog_cryspyにも記録される．

cryspy-extract-struc

最終更新日：2026年10月16日

cryspy-extract-struc コマンド

v1.5.0以降では，cryspy-extract-strucコマンドでinit_struc_data.pklやopt_struc_data.pklから構造を抽出し，cifファイルとして保存できる． CrySPY Utilityのextract_struc.pyをCrySPYに組み込んだコマンド．ファイル出力せず，構造情報を画面に表示することもできる．

実行方法とオプション

cryspy-extract-struc infile [options]

入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．cifファイルはコマンドを実行したディレクトリに保存される． -i，-a，-tのいずれか1つを指定する．これらは併用できない．

引数・オプション	説明
`infile`	構造データのpickleファイル．`init_struc_data.pkl`，`opt_struc_data.pkl`など．gzip圧縮したファイルも読み込み可能．
`-i INDEX [INDEX ...]`, `--index INDEX [INDEX ...]`	抽出する構造IDを指定する．複数指定可能．
`-a`, `--all_id`	入力ファイル内の全構造を抽出する．
`-t TOP`, `--top TOP`	`rslt_data.pkl`の`E_eV_atom`が低い順に，指定した構造数を抽出する．
`-p`, `--print`	cifを出力せず，構造情報を画面に表示する．
`-r`, `--rank`	`-t`と併用し，出力ファイル名の先頭に順位を付ける．
`-s`, `--symmetrized`	対称性情報付きのcifを出力する．
`--tolerance TOLERANCE`	`-s`で対称性を判定する際の許容値．デフォルトは`0.01`．
`-h`, `--help`	ヘルプを表示する．

使用例

構造IDを指定して抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1

構造IDが0，1の構造を，カレントディレクトリの0.cif，1.cifに保存する．存在しないIDは警告を出してスキップする．

構造情報を表示

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1 -p

-pを付けると，cifファイルを作成せず，構造IDと構造情報を画面に表示する．

エネルギー上位の構造を抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3

エネルギーが低い順に3構造を抽出する．入力ファイルと同じディレクトリにrslt_data.pklが必要．出力ファイル名は{ID}.cifとなる．

-rも指定すると，順位を含む{rank}_{ID}.cifとなる．順位は1から始まる．

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3 -r

全構造を抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/init_struc_data.pkl -a

全初期構造を{ID}.cifとして保存する．

対称性情報付きで出力

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1 -s --tolerance 0.01

-sを付けると，空間群などの対称性情報を含むcifを出力する．--toleranceは省略可能．対称性情報を付ける際に，セルの表現や原子数が変わる場合がある．

gzip圧縮したファイルから抽出

cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl.gz -i 0 1

gzip圧縮した構造データは，展開せずに読み込める．-a，-t，-p，-sなども同様に使用できる． -tを使う場合は，圧縮した入力ファイルと同じディレクトリにrslt_data.pklを置く．

コマンド

メインコマンド

サブコマンド

コマンドのサブセクション

cryspy-Eplot

cryspy-Eplot コマンド

実行方法とオプション

エネルギープロット（RS，EA）

凸包プロット（EA-vc）

通常プロット（2元系，3元系）

世代を指定した再描画

組成制限がある場合の描画

組成範囲の確認（-c）

軸の配置変更

化合物を基準とした凸包（terminals）

cryspy-calc-convex-hull

cryspy-calc-convex-hull コマンド

cryspy-skip

cryspy-skip コマンド

cryspy-print

cryspy-print コマンド

実行方法とオプション

対応ファイルと表示内容

使用例

構造数・入力設定・fitnessの確認

計算結果の表示

EA-vcの結果を組成で絞り込み

gzip圧縮したファイルの確認

結果ファイルの再出力

cryspy-extract-struc

cryspy-extract-struc コマンド

実行方法とオプション

使用例

構造IDを指定して抽出

構造情報を表示

エネルギー上位の構造を抽出

全構造を抽出

対称性情報付きで出力

gzip圧縮したファイルから抽出

組成範囲の確認（`-c`）

化合物を基準とした凸包（`terminals`）