https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/index.htmlメインコマンド cryspy サブコマンド cryspy-Eplot（v1.4.1以降） cryspy-calc-convex-hull（v1.4.2以降） cryspy-skip（v1.4.2以降） cryspy-print（v1.5.0以降） cryspy-extract-struc（v1.5.0以降）Hugojahttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_eplot/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_eplot/index.html最終更新日：2026年10月16日 cryspy-Eplot コマンド CrySPY version 1.4.1以降では，cryspy-Eplotコマンドがインストールされる． EA-vcでは，デフォルトで各世代の計算終了時に凸包図が自動的に生成・保存される．出力間隔の変更や自動出力の無効化は，[option]セクションのenergy_output_intervalで指定する（入力ファイル > [option] Sectionを参照）． 後から描画パラメータを変更したい場合は，cryspy-Eplotコマンドを用いて再描画できる． 変更できる入力パラメーターは以下のページを参考． CrySPY > 入力ファイル > [visual]セクション 実行方法とオプション cryspy.inがあるディレクトリで，下記コマンドを実行． cryspy-Eplot [options] Option Description -c, --composition-window cryspy.inで指定された組成範囲を描画した図を保存する．詳細は組成範囲の確認を参照． エネルギープロット（RS，EA） CrySPY > チュートリアル > ランダムサーチ（RS） > 解析と可視化 CrySPY > チュートリアル > 進化的アルゴリズム（EA） > 解析と可視化https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_calc_convex_hull/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_calc_convex_hull/index.html最終更新日：2026年10月16日 cryspy-calc-convex-hull コマンド EA-vcの指定世代までの結果を使って，凸包と各構造のhull distanceを再計算するコマンド． cryspy-skipで不適切な構造を除外した後や，emin_ea・emax_eaでエネルギーの除外条件を変更した後に使用する． CrySPYの計算ディレクトリで，世代番号を指定して実行する． cryspy-calc-convex-hull 10 この例では，第1〜10世代の結果を使って，第10世代時点の凸包とhull distanceを再計算する． pd_data.pklとhdist_data.pklの該当世代のデータ，hull distanceの一覧を更新し，2元系・3元系では凸包の図も出力する． 詳しい手順は機能 > 計算のスキップを参照．https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_skip/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_skip/index.html最終更新日：2026年10月16日 cryspy-skip コマンド rslt_data.pklに記録済みの計算結果を取り消し，指定した構造をskip扱いにするコマンド． 正しくない電子状態などにより，異常なエネルギーが記録された場合に使用する． CrySPYの計算ディレクトリで，構造IDを指定して実行する．複数のIDも指定できる． cryspy-skip 198 157 この例では，ID 198と157の最適化構造とエネルギーを無効化し，計算結果のOptをskipに更新する． EA・EA-vcでは，エリートに登録されている場合はそのデータからも取り除く． EA-vcでは，必要に応じてcryspy-calc-convex-hullで凸包を再計算する． 詳しい手順や，計算途中でスキップする方法は機能 > 計算のスキップを参照．https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_print/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_print/index.html最終更新日：2026年10月16日 cryspy-print コマンド v1.5.0以降では，cryspy-printコマンドでdata/pkl_data/にあるpickleファイルの内容を確認できる． CrySPY Utilityのprint_pkl.pyに代わるコマンドで，ファイルの種類に応じて内容や要約を表示する． rslt_data.pklでは，エネルギー順の表示，表示行数の指定，組成による絞り込み，結果ファイルの再出力もできる． 実行方法とオプション cryspy-print infile [options] 入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．gzip圧縮したファイルも読み込み可能． ファイルの種類はファイル名で判別するため，rslt_data.pklなどの名前を変更せずに指定する． 引数・オプション 説明 infile 表示するpickleファイル．gzip圧縮したファイル（例：rslt_data.pkl.gz）も指定可能． --no-sort rslt_data.pklをソートせず，保存されている行順で表示する． --head N 絞り込み・ソート後の先頭N行を表示する．Nは正の整数． --tail N 絞り込み・ソート後の末尾N行を表示する．Nは正の整数． --all 絞り込み・ソート後の全行を表示する． -c N [N ...], --composition N [N ...] EA-vcのrslt_data.pklを，atypeの順に指定した組成比で絞り込む． --write rslt_data.pklから./data/cryspy_rsltと./data/cryspy_rslt_energy_ascを再出力する． -h, --help ヘルプを表示する． --no-sort，--head，--tail，--all，--composition，--writeはrslt_data.pkl用のオプション． --head，--tail，--allは併用できない．--writeは表示用オプションと併用できない． 対応ファイルと表示内容 ファイル 表示内容 input_data.pkl セクションごとの入力設定．値がNoneの項目は表示しない． init_struc_data.pkl，opt_struc_data.pkl，struc_step_data.pkl，elite_struc.pkl，init_dscrpt_data.pkl，opt_dscrpt_data.pkl 保存されているデータの件数（Number of structures）．構造ID一覧は表示しない． rslt_data.pkl 計算結果の表．デフォルトはエネルギーが低い順． hdist_data.pkl 最新世代と，その世代の構造数．空の場合はNo hull distance data． pd_data.pkl 最新世代と，その世代の安定エントリー数・全エントリー数．空の場合はNo phase diagram data． cn_comb_data.pkl 電荷中性条件の設定と，電荷中性を満たす組み合わせの数．cn_combがNoneの場合はその旨を表示する． 以下のファイルは内容を整形して表示する．https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_extract_struc/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/cryspy_extract_struc/index.html最終更新日：2026年10月16日 cryspy-extract-struc コマンド v1.5.0以降では，cryspy-extract-strucコマンドでinit_struc_data.pklやopt_struc_data.pklから構造を抽出し，cifファイルとして保存できる． CrySPY Utilityのextract_struc.pyをCrySPYに組み込んだコマンド．ファイル出力せず，構造情報を画面に表示することもできる． 実行方法とオプション cryspy-extract-struc infile [options] 入力ファイルは相対パスまたは絶対パスで指定できる．cifファイルはコマンドを実行したディレクトリに保存される． -i，-a，-tのいずれか1つを指定する．これらは併用できない． 引数・オプション 説明 infile 構造データのpickleファイル．init_struc_data.pkl，opt_struc_data.pklなど．gzip圧縮したファイルも読み込み可能． -i INDEX [INDEX ...], --index INDEX [INDEX ...] 抽出する構造IDを指定する．複数指定可能． -a, --all_id 入力ファイル内の全構造を抽出する． -t TOP, --top TOP rslt_data.pklのE_eV_atomが低い順に，指定した構造数を抽出する． -p, --print cifを出力せず，構造情報を画面に表示する． -r, --rank -tと併用し，出力ファイル名の先頭に順位を付ける． -s, --symmetrized 対称性情報付きのcifを出力する． --tolerance TOLERANCE -sで対称性を判定する際の許容値．デフォルトは0.01． -h, --help ヘルプを表示する． 使用例 構造IDを指定して抽出 cryspy-extract-struc ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -i 0 1 構造IDが0，1の構造を，カレントディレクトリの0.cif，1.cifに保存する．存在しないIDは警告を出してスキップする．