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  2. CrySPY utility
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CrySPY utility

ダウンロードに関してはこちらのページ: Installation/CrySPY utility.

Examples

様々なexamplesがCrySPY_utility/examples (GitHub)から入手できます.

Scripts

役に立つスクリプトが CrySPY_utility/script (GitHub)にあります.

  • repeat_cryspy
    • extract_struc.py
      • print_pkl.py
        • pos2pkl.py
          • kpt_check.py
            CrySPY
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              • Version 1.0.0
              • Version 0.10.3 or earlier
            • インストール
              • 動作環境
                • Python
                • 構造最適化ソフト
                • find_wy (オプション)
              • CrySPY
                • CrySPY 1.3.0 or later
                • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
                • CrySPY 0.10.3 or earlier
              • CrySPYユーティリティ (オプション)
            • チュートリアル
              • ランダムサーチ (RS)
                • ASE on your local PC
                • soiap on your local PC
                • VASP
                • QE
                • OpenMX
                • LAMMPS
                • Check cryspy.in
                • Script to run
                • Firsrt run
                • Submit job
                • Check results
                • Append structures
                • 解析と可視化
              • 進化的アルゴリズム(EA)
                • ASE on your local PC
                • 次世代の生成
                • 結果の確認
                • 解析と可視化
              • 組成可変型進化的アルゴリズム(EA-vc)
                • ASE on your local PC (Cu-Ag-Au)
                • ASE-CHGNet(Cu-Au)
                • 次世代の生成
                • 結果の確認
                • 解析と可視化
              • Bayesian Optimization (BO)
              • LAQA
              • Molecular crystal structure prediction
              • Random structure generation with MPI
              • インタラクティブモード (Jupyter Notebook)
            • インターフェース
            • 探索アルゴリズム
              • Random search (RS)
              • 進化的アルゴリズム (EA)
                • Crossover
                • Permutation
                • Strain
                • トーナメント選択
                • ルーレット選択
              • 組成可変型進化的アルゴリズム (EA-vc)
                • Crossover (vc)
                • Addition
                • Elimination
                • Substitution
              • Bayesian optimizaion (BO)
              • LAQA
            • 構造生成
              • struc_mode = crystal
              • struc_mode = mol
              • struc_mode = mol_bs
            • 機能
              • Logging
              • バックアップ
              • クリーン
              • 原子間距離の制限
              • ジョブファイルのCrySPY_ID
              • MPI並列化を用いた構造生成
              • Enthalpy
              • As library
              • Interactive mode
            • 入力ファイル
              • File format
              • [basic] section
              • [structure] section
              • [VASP] section
              • [QE] section
              • [OMX] section
              • [soaip] section
              • [LAMMPS] section
              • [ASE] section
              • [EA] section
              • [BO] section
              • [LAQA] section
              • [option] section
              • Kpoint
            • データフォーマット
              • Common data
                • Initial and optimized structure data
                • Result data
              • Random Search (RS)
              • Evolutionary algorithm (EA)
              • Bayesian Optimization (BO)
              • LAQA
              • オプションデータ
                • Energy step data
                • Structure step data
                • Force step data
                • Stress step data
            • CrySPY utility
              • repeat_cryspy
              • extract_struc.py
              • print_pkl.py
              • pos2pkl.py
              • kpt_check.py
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