extract_struc.py
2023 April 16 update
init_struc_data.pklやopt_struc_data.pklから構造ごとにcifファイルを出力するスクリプト．
ファイル出力せず，構造情報を画面にプリントすることも可能．
-iオプションでインデックス（構造ID)を（複数）指定できる．
-tオプションでエネルギーが低い順番に指定した構造数のcifファイルを出力可能．
-aオプションの場合は全ての構造をcifファイルに出力する．数が多い場合はディレクトリを作成してそこに移動してから実行したほうが良い．
-sオプションをつけると対称性（空間群）の情報を付けられる．ただし，セルや原子数が変わるので注意．
対称性の情をつける際，--toleranceオプションでtoleranceを変えられる（デフォルトは0.01）．
-pオプションをつけるとファイル出力せずに，画面にプリントする．
gzipしたファイルもそのまま読み込み可能(e.g., opt_struc_data.pkl.gz)．
更新履歴
- 2024 April 16: –tolerance option, gzip
- 2023 July 21: –print option
使い方
python3 extract_struc.py -h
このスクリプトをPATHが通ったところにおけばpython3を省略できる
extract_struc.py -h
usage: extract_struc.py [-h] [-p] [-a] [-i [INDEX ...]] [-t TOP] [-r] [-s] [--tolerance TOLERANCE] infile
positional arguments:
infile input file
options:
-h, --help show this help message and exit
-p, --print just print, e.g., extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 7 10 12 -ps
-a, --all_id all structures, e.g., extract_struc.py opt_struc_data.pkl -as
-i [INDEX ...], --index [INDEX ...]
structure ID, e.g., extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 7 10 12 -s
-t TOP, --top TOP top k structures, e.g. (k = 3), extract_struc.py opt_struc_data.pkl -t 3 -s
-r, --rank add rank in file names, e.g., extract_struc.py opt_struc_data.pkl -t 3 -rs
-s, --symmetrized symmetrized structure, e.g., extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 7 10 12 -s
--tolerance TOLERANCE
tolerance for symmetrization (default 0.01), e.g., extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 0 1 -s --tolerance 0.01
例
プリント
-pオプションは-s以外のオプションと組み合わせて使用することができる．
extract_struc.py -p opt_struc_data.pkl -i 0 1
ID 0
Full Formula (Na8 Cl8)
Reduced Formula: NaCl
abc : 6.823618 6.823618 7.566454
angles: 90.000000 90.000000 96.650518
pbc : True True True
Sites (16)
# SP a b c
--- ---- -------- -------- --------
0 Na 0 0 1
1 Na 0 0 0.5
2 Na 0.704707 0.295293 0.75
3 Na 0.295293 0.704707 0.25
4 Na 0.5 0 1
5 Na 0.5 0 0.5
6 Na 0 0.5 0.5
7 Na 0 0.5 0
8 Cl 0.5 0.5 0
9 Cl 0.5 0.5 0.5
10 Cl 0.484753 0.515247 0.75
11 Cl 0.515247 0.484753 0.25
12 Cl 0.828247 0.171753 0.851096
13 Cl 0.171753 0.828247 0.351096
14 Cl 0.828247 0.171753 0.648904
15 Cl 0.171753 0.828247 0.148904
ID 1
Full Formula (Na8 Cl8)
Reduced Formula: NaCl
abc : 8.145021 8.145021 4.324235
angles: 90.000000 90.000000 120.000000
pbc : True True True
Sites (16)
# SP a b c
--- ---- --------- --------- --------
0 Na 0.666667 0.333333 0.736206
1 Na 0.666667 0.333333 0.263794
2 Na 0.913147 0.086853 0.5
3 Na 0.913147 0.826295 0.5
4 Na 0.173705 0.086853 0.5
5 Na 0.77711 0.22289 0
6 Na 0.77711 0.55422 0
7 Na 0.44578 0.22289 0
8 Cl 0.027675 0.423376 0.5
9 Cl -0.423376 -0.395701 0.5
10 Cl 0.395701 -0.027675 0.5
11 Cl -0.423376 -0.027675 0.5
12 Cl 0.395701 0.423376 0.5
13 Cl 0.027675 -0.395701 0.5
14 Cl 0.333333 0.666667 0.5
15 Cl 0 0 0
構造ID
extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 7 10 12
以下のファイルが出力される．
7.cif，10.cif，12.cif
対称性の情報ありの場合は-sオプションをつける．
extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 7 10 12 -s
2024 April 16
toleranceパラメーター（デフォルトは0.01）を指定する場合
extract_struc.py opt_struc_data.pkl -i 7 10 12 -s --tolerance 0.01
Top k 構造
rslt_data.pkl がインプット（init_struc_data.pklかopt_struc_data.pkl）と同じディレクトリに必要．
ここでは以下のようにファイルが存在して，
- ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl
- ./data/pkl_data/rslt_data.pkl
cryspy_rslt_energy_ascの中身が下記のものを仮定すると
Spg_num Spg_sym Spg_num_opt Spg_sym_opt E_eV_atom Magmom Opt
9 110 I4_1cd 110 I4_1cd -1284.708037 NaN not_yet
16 4 P2_1 4 P2_1 -1284.693651 NaN done
97 92 P4_12_12 91 P4_122 -1284.692494 NaN done
8 57 Pbcm 57 Pbcm -1284.668504 NaN done
81 19 P2_12_12_1 19 P2_12_12_1 -1284.635684 NaN done
...
トップk (ここではk=3) の構造は下記コマンドで出力できる．
extract_struc.py ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3
ここではrlst_data.pklは./data/pkl_data/の中に存在しなければならない.
9.cif, 16.cif, 97.cifというファイルが出力される．
-rオプションを使うと，ファイル名に順位を含めることができる．
extract_struc.py ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3 -r
ファイル名は1_9.cif, 2_16.cif, 3_97.cifのようになる．
対称化されたcifの場合は下記のようにする．
extract_struc.py ./data/pkl_data/opt_struc_data.pkl -t 3 -rs
全構造
構造が多い場合はディレクトリを先に作った方が良い．
mkdir init_cifs
cd init_cifs
extract_struc.py /path/to/opt_struc_data.pkl -a
対称化する場合，
extract_struc.py /path/to/init_struc_data.pkl -as
gzipファイル
2024 April 16
gzipされたファイル（拡張子が.gz）も読み込み可能：
extract_struc.py opt_struc_data.pkl.gz -i 0 1 -s