kpt_check.py

kpt_check.pyはkppvolを入力した際にkメッシュがどれくらいになるかをチェックすることができる． POSCAR，CONTCAR，およびinit_struc_data.pklが読み込み可能． pymatgenライブラリが必要．

初期構造を生成後に，kppvolの値をどれくらいにしたら良いか色々試すことができる．（下記の最後の例を参照）

使い方

python3 kpt_check.py -h

このスクリプトをPATHが通ったところにおけばpython3を省略できる

kpt_check.py -h

usage: kpt_check.py [-h] [-w] [-n NSTRUC] infile kppvol

positional arguments:
  infile                input file: POSCAR, CONTCAR, or init_struc_data.pkl
  kppvol                kppvol

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -w, --write           write KPOINTS
  -n NSTRUC, --nstruc NSTRUC
                        number of structure to check

例

POSCARとkppvol

kpt_check.py POSCAR 100

a = 10.689217
b = 10.689217
c = 10.730846
    Lattice vector
10.689217 0.000000 0.000000
0.000000 10.689217 0.000000
0.000000 0.000000 10.730846

kppvol:  100
k-points:  [2, 2, 2]

KPOINTSファイルの生成

POSCARおよびCONTCARを入力とする際は，-wオプションを使用することでKPOINTSファイルを生成できる．

kpt_check.py -w POSCAR 100

$ cat KPOINTS
pymatgen 4.7.6+ generated KPOINTS with grid density = 607 / atom
0
Monkhorst
2 2 2

init_struc_data.pklとkppvol

init_struc_data.pklの初期構造データに任意のkppvolの値を適用した場合のkメッシュを調べることが可能．デフォルト設定でははじめの5構造をチェックする． -nを使うとチェックする構造数も変えられる．

kpt_check.py -n 3 init_struc_data.pkl 100

# ---------- 0th structure
a = 8.0343076893
b = 8.03430768936
c = 9.1723323373
    Lattice vector
8.034308 0.000000 0.000000
-4.017154 6.957915 0.000000
0.000000 0.000000 9.172332

kppvol:  100
k-points:  [3, 3, 3]


# ---------- 1th structure
a = 9.8451944096
b = 9.84519440959
c = 6.8764313585
    Lattice vector
9.845194 0.000000 0.000000
-4.922597 8.526188 0.000000
0.000000 0.000000 6.876431

kppvol:  100
k-points:  [3, 3, 4]


# ---------- 2th structure
a = 7.5760383679
b = 7.57603836797
c = 6.6507478296
    Lattice vector
7.576038 0.000000 0.000000
-3.788019 6.561042 0.000000
0.000000 0.000000 6.650748

kppvol:  100
k-points:  [4, 4, 4]