1. CrySPY>
  2. データフォーマット
  • 目次

データフォーマット

CrySPYのデータは./data/pkl_data/ディレクトリに保存される.pklデータ解析用のJupyterノートブック(pkl_data.ipynb)も用意されている.

目次

  • Common data
    • Initial and optimized structure data
      • Result data
      • Random Search (RS)
        • Evolutionary algorithm (EA)
          • Bayesian Optimization (BO)
            • LAQA
              • オプションデータ
                • Energy step data
                  • Structure step data
                    • Force step data
                      • Stress step data
                      CrySPY
                      • Home
                      • バージョン情報
                        • Version 1.4.0
                        • Version 1.3.0
                        • Version 1.2.5
                        • Version 1.2.4
                        • Version 1.2.3
                        • Version 1.2.2
                        • Version 1.2.1
                        • Version 1.2.0
                        • Version 1.1.1
                        • Version 1.1.0
                        • Version 1.0.0
                        • Version 0.10.3 or earlier
                      • インストール
                        • 動作環境
                          • Python
                          • 構造最適化ソフト
                          • find_wy (オプション)
                        • CrySPY
                          • CrySPY 1.3.0 or later
                          • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
                          • CrySPY 0.10.3 or earlier
                        • CrySPYユーティリティ (オプション)
                      • チュートリアル
                        • ランダムサーチ (RS)
                          • ASE on your local PC
                          • soiap on your local PC
                          • VASP
                          • QE
                          • OpenMX
                          • LAMMPS
                          • Check cryspy.in
                          • Script to run
                          • Firsrt run
                          • Submit job
                          • Check results
                          • Append structures
                          • 解析と可視化
                        • 進化的アルゴリズム(EA)
                          • ASE on your local PC
                          • 次世代の生成
                          • 結果の確認
                          • 解析と可視化
                        • 組成可変型進化的アルゴリズム(EA-vc)
                          • ASE on your local PC (Cu-Ag-Au)
                          • ASE-CHGNet(Cu-Au)
                          • 次世代の生成
                          • 結果の確認
                          • 解析と可視化
                        • Bayesian Optimization (BO)
                        • LAQA
                        • Molecular crystal structure prediction
                        • Random structure generation with MPI
                        • インタラクティブモード (Jupyter Notebook)
                      • インターフェース
                      • 探索アルゴリズム
                        • Random search (RS)
                        • 進化的アルゴリズム (EA)
                          • Crossover
                          • Permutation
                          • Strain
                          • トーナメント選択
                          • ルーレット選択
                        • 組成可変型進化的アルゴリズム (EA-vc)
                          • Crossover (vc)
                          • Addition
                          • Elimination
                          • Substitution
                        • Bayesian optimizaion (BO)
                        • LAQA
                      • 構造生成
                        • struc_mode = crystal
                        • struc_mode = mol
                        • struc_mode = mol_bs
                      • 機能
                        • Logging
                        • バックアップ
                        • クリーン
                        • 原子間距離の制限
                        • ジョブファイルのCrySPY_ID
                        • MPI並列化を用いた構造生成
                        • Enthalpy
                        • As library
                        • Interactive mode
                      • 入力ファイル
                        • File format
                        • [basic] section
                        • [structure] section
                        • [VASP] section
                        • [QE] section
                        • [OMX] section
                        • [soaip] section
                        • [LAMMPS] section
                        • [ASE] section
                        • [EA] section
                        • [BO] section
                        • [LAQA] section
                        • [option] section
                        • Kpoint
                      • データフォーマット
                        • Common data
                          • Initial and optimized structure data
                          • Result data
                        • Random Search (RS)
                        • Evolutionary algorithm (EA)
                        • Bayesian Optimization (BO)
                        • LAQA
                        • オプションデータ
                          • Energy step data
                          • Structure step data
                          • Force step data
                          • Stress step data
                      • CrySPY utility
                        • repeat_cryspy
                        • extract_struc.py
                        • print_pkl.py
                        • pos2pkl.py
                        • kpt_check.py
                      • FAQ
                        • シミュレーションの途中でnjobを変えることはできますか?
                      • ロゴ
                      リンク
                      • GitHub repo
                      • GitHub discussions
                      • CrySPY utility

                      •  
                      •