1. CrySPY>
  2. 機能
  • 目次

機能

目次

  • Logging
    • バックアップ
      • クリーン
        • Restriction on interatomic distances
          • ジョブファイルのCrySPY_ID
            • MPI並列化を用いた構造生成
              • Enthalpy
                • As library
                  CrySPY
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                    • Version 1.2.4
                    • Version 1.2.3
                    • Version 1.2.2
                    • Version 1.2.1
                    • Version 1.2.0
                    • Version 1.1.1
                    • Version 1.1.0
                    • Version 1.0.0
                    • Version 0.10.3 or earlier
                  • インストール
                    • 動作環境
                      • Python
                      • 構造最適化ソフト
                      • find_wy (オプション)
                    • CrySPY
                      • CrySPY 1.3.0 or later
                      • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
                      • CrySPY 0.10.3 or earlier
                    • CrySPYユーティリティ (オプション)
                  • チュートリアル
                    • ランダムサーチ (RS)
                      • ASE in your local PC
                      • soiap in your local PC
                      • VASP
                      • QE
                      • OpenMX
                      • LAMMPS
                      • External program
                      • Check cryspy.in
                      • Script to run
                      • Firsrt run
                      • Submit job
                      • Check results
                      • Append structures
                      • Analysis and visualization
                      • Load external data
                    • Evolutionary Algorithm (EA)
                    • Bayesian Optimization (BO)
                    • LAQA
                    • Molecular crystal structure prediction
                    • Random structure generation with MPI
                  • 探索アルゴリズム
                    • LAQA
                  • 構造生成
                    • struc_mode = crystal
                    • struc_mode = mol
                    • struc_mode = mol_bs
                  • 機能
                    • Logging
                    • バックアップ
                    • クリーン
                    • Restriction on interatomic distances
                    • ジョブファイルのCrySPY_ID
                    • MPI並列化を用いた構造生成
                    • Enthalpy
                    • As library
                  • 入力ファイル
                    • File format
                    • [basic] section
                    • [structure] section
                    • [VASP] section
                    • [QE] section
                    • [OMX] section
                    • [soaip] section
                    • [LAMMPS] section
                    • [ASE] section
                    • [EA] section
                    • [BO] section
                    • [LAQA] section
                    • [option] section
                    • Kpoint
                  • データフォーマット
                    • Common data
                      • Initial and optimized structure data
                      • Result data
                    • Random Search (RS)
                    • Evolutionary algorithm (EA)
                    • Bayesian Optimization (BO)
                    • LAQA
                    • オプションデータ
                      • Energy step data
                      • Structure step data
                      • Force step data
                      • Stress step data
                  • CrySPY Utility
                    • Examples
                      • ase_chgnet_Sr4Co4O12
                      • ase_Cu8_RS
                      • soiap_Si8_RS
                      • soiap_Si8_RS_mindist
                      • vasp_Na8Cl8_RS
                      • vasp_Sr4O4_RS_pv_term
                      • qe_Si8_RS
                      • qe_benzene_2_RS_mol
                      • qe_Sr4O4_RS_pv_term
                      • qe_Si16_LAQA
                    • Scripts
                      • extract_struc.py
                      • pos2pkl.py
                      • kpt_check.py
                      • repeat_cryspy
                      • print_pkl.py
                  • FAQ
                    • シミュレーションの途中でnjobを変えることはできますか？
                  リンク
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                  • GitHub discussions
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