1. CrySPY>
  2. 機能
  • 目次

機能

目次

  • Logging
    • バックアップ
      • クリーン
        • 原子間距離の制限
          • ジョブファイルのCrySPY_ID
            • MPI並列化を用いた構造生成
              • Enthalpy
                • As library
                  • Interactive mode
                    CrySPY
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                      • Version 1.2.5
                      • Version 1.2.4
                      • Version 1.2.3
                      • Version 1.2.2
                      • Version 1.2.1
                      • Version 1.2.0
                      • Version 1.1.1
                      • Version 1.1.0
                      • Version 1.0.0
                      • Version 0.10.3 or earlier
                    • インストール
                      • 動作環境
                        • Python
                        • 構造最適化ソフト
                        • find_wy (オプション)
                      • CrySPY
                        • CrySPY 1.3.0 or later
                        • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
                        • CrySPY 0.10.3 or earlier
                      • CrySPYユーティリティ (オプション)
                    • チュートリアル
                      • ランダムサーチ (RS)
                        • ASE on your local PC
                        • soiap on your local PC
                        • VASP
                        • QE
                        • OpenMX
                        • LAMMPS
                        • Check cryspy.in
                        • Script to run
                        • Firsrt run
                        • Submit job
                        • Check results
                        • Append structures
                        • 解析と可視化
                      • 進化的アルゴリズム（EA）
                        • ASE on your local PC
                        • 次世代の生成
                        • 結果の確認
                        • 解析と可視化
                      • 組成可変型進化的アルゴリズム（EA-vc）
                        • ASE on your local PC (Cu-Ag-Au)
                        • ASE-CHGNet（Cu-Au）
                        • 次世代の生成
                        • 結果の確認
                        • 解析と可視化
                      • Bayesian Optimization (BO)
                      • LAQA
                      • Molecular crystal structure prediction
                      • Random structure generation with MPI
                      • インタラクティブモード (Jupyter Notebook)
                    • インターフェース
                    • 探索アルゴリズム
                      • Random search (RS)
                      • 進化的アルゴリズム (EA)
                        • Crossover
                        • Permutation
                        • Strain
                        • トーナメント選択
                        • ルーレット選択
                      • 組成可変型進化的アルゴリズム (EA-vc)
                        • Crossover (vc)
                        • Addition
                        • Elimination
                        • Substitution
                      • Bayesian optimizaion (BO)
                      • LAQA
                    • 構造生成
                      • struc_mode = crystal
                      • struc_mode = mol
                      • struc_mode = mol_bs
                    • 機能
                      • Logging
                      • バックアップ
                      • クリーン
                      • 原子間距離の制限
                      • ジョブファイルのCrySPY_ID
                      • MPI並列化を用いた構造生成
                      • Enthalpy
                      • As library
                      • Interactive mode
                    • 入力ファイル
                      • File format
                      • [basic] section
                      • [structure] section
                      • [VASP] section
                      • [QE] section
                      • [OMX] section
                      • [soaip] section
                      • [LAMMPS] section
                      • [ASE] section
                      • [EA] section
                      • [BO] section
                      • [LAQA] section
                      • [option] section
                      • Kpoint
                    • データフォーマット
                      • Common data
                        • Initial and optimized structure data
                        • Result data
                      • Random Search (RS)
                      • Evolutionary algorithm (EA)
                      • Bayesian Optimization (BO)
                      • LAQA
                      • オプションデータ
                        • Energy step data
                        • Structure step data
                        • Force step data
                        • Stress step data
                    • CrySPY utility
                      • repeat_cryspy
                      • extract_struc.py
                      • print_pkl.py
                      • pos2pkl.py
                      • kpt_check.py
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