初期構造の読み込み
最終更新日：2026年10月16日
あらかじめ用意した構造を，探索の初期構造として使用できる．
cryspy.inの[option]セクションでload_struc_flag = Trueを指定すると，初回起動時に./data/pkl_data/init_struc_data.pklを読み込む．デフォルトはFalse．
必要な構造数に満たない場合は，不足分をランダム生成で補完する．
使い方
cifファイル3つからデータを作成して読み込む手順は，チュートリアル > 初期構造の読み込みを参照．
構造ファイルからinit_struc_data.pklへの変換には，CrySPY Utilityのpos2pkl.pyを使用できる．
読み込み時のチェック
読み込み時には以下の条件を確認する．条件を満たさない場合はエラーになり，初期化を停止する．
init_struc_data.pklのデータが辞書であること．- 構造IDが整数の
0から始まる連番であること．例えば，3構造なら0，1，2． - 各構造データがpymatgenの
Structureであること． - 構造数が以下の上限を超えないこと．
| アルゴリズム | 構造数の上限 |
|---|---|
| EA，EA-vc | n_pop |
| RS，BO，LAQA | tot_struc |
データ形式の詳細はデータフォーマット > 初期構造と最適化後の構造データを参照．
原子種・原子数・組成のチェック
RS，BO，LAQA，EAでは，原子種と各原子種の原子数がatypeとnatの設定に一致する必要がある．同じ組成比でも，原子数が異なる構造は使用できない．
EA-vcでは，以下の条件を確認する．
| 項目 | 条件 |
|---|---|
| 原子種 | atype以外の原子種を含まない． |
| 原子数 | 各原子種の原子数がll_natからul_natまでの範囲内にあり，構造全体で1個以上の原子を含む． |
| 組成制限 | min_compやmax_compを指定した場合は，その組成範囲を満たす． |
| 電荷中性条件 | chargeを指定した場合は，指定した価数の組合せで電荷中性条件を満たせる． |
組成制限と電荷中性条件の詳細は，組成制限および電荷中性条件を参照．
読み込み時には，mindistや空間群，セル体積の制限はチェックしない．
不足分の補完
読み込んだ構造数がtot_strucまたはn_popに満たない場合は，不足分をランダム生成する．
追加する構造には，読み込んだ構造の最後のIDに続く連番が付く．
読み込んだ構造と補完された構造を合わせて，./data/pkl_data/init_struc_data.pklと./data/init_POSCARSに保存する．