MPI並列化を用いた構造生成

2023/10/21 update

CrySPYのバージョン1.1.0（1.2.3以上の利用を推奨）からは，MPIを用いたランダム構造生成が可能になった． MPIを使うにはPython環境にmpi4pyをインストールする必要がある． 当然，計算に利用するワークステーション等にMPIライブラリ（Open MPI，Intel MPI，MPICHなど）も必要である．

情報

MPIを使うのに下記が必要

  • CrySPY 1.1.0 1.2.3 or later
  • mpi4py
  • MPI library (Open MPI, Intel MPI, MPICH, etc.)
警告

1.1.0 <= CrySPY <=1.2.2ではバグがあった． MPIを使ったジョブをbashやzshで実行するとき（e.g., jobcmd = zsh, jobfile = job_cryspy），MPIのジョブが流れない． qsubやsbatchでジョブスケジューラーを使う場合は問題ない。 このバグはバージョン1.2.3で修正．

下の図にSi8原子1000構造をランダムに生成するのにかかった時間とMPIプロセス数の関係を示す．下記のセッティングを使った．

[basic]
algo = RS
calc_code = soiap
tot_struc = 1000
nstage = 1
njob = 2
jobcmd = zsh
jobfile = job_cryspy

[structure]
natot = 8
atype = Si
nat = 8
mindist_1 = 2.2

mindset_1 = 2.2のように厳し目に設定して，わざと時間がかかるようにしてある． それぞれのプロセス数において10回ずつ実行して，平均を線で結んでいる．

fig_MPI fig_MPI

Run

mpiexec -n 4 cryspy -p
情報

See also Tutorial > Random structure generation with MPI