計算のスキップ

2025年7月15日

計算途中でskip

DFT計算などで電子状態がどうしても収束しない場合や，明らかに不安定な構造で途中で計算をやめたい場合，下記の手順でskipできる．

  1. qdelなどでジョブを止める
  2. ./work/xxx/stat_jobの3行目をskipに書き換える
  3. 通常通りcryspyを実行

これで，この構造は切り捨てられて，計算が次へ進む．

cryspy_rslt (rslt_data.pkl) に記録された後にskip

CrySPY version 1.4.2以上

正しくない電子状態等で計算が終わった場合，エネルギーが過剰に低く出力されて，rslt_dataに記録されてしまうことがある．例えば下記の結果は，ID 198のエネルギーが低くなりすぎてしまっている．

cryspy_rslt_energy_asc

     Gen  ...  E_eV_atom  Ef_eV_atom ...
198   10  ...  -5.542899   -1.800631 ...
157    8  ...  -5.598984   -0.356639 ...
186   10  ...  -6.323099   -0.330717 ...
95     5  ...  -6.317931   -0.325549 ...

このデータを取り消してskipするためには，バージョン1.4.2から自動でインストールされるコマンドを使う．

cryspy-skip 198

もしskipさせたい構造が複数あるなら，複数のIDを入力する．

cryspy-skip 198 157

これでデータが更新される．

EAまたはEA-vcの場合

EAやEA-vcの場合，skipする構造がエリート構造として登録されている可能性もある．cryspy-skipコマンドを使うとelite_struc.pklとelite_fitness.pklに保存されているデータからskipする構造を取り除く．

EA-vcの凸包の再計算

EA-vcの場合，skipする構造のエネルギーが凸包計算に影響を与える場合がある．そのため，skipさせたあとは，下記コマンドで凸包の再計算を行っておく．

cryspy-calc-convex-hull 10

上記入力の10は世代を表し，10世代時点での凸包の再計算，凸包プロットを行う．