https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/index.htmlCrySPY（クリスピー）は機械学習を利用したPython製の結晶構造探索ツールであり，クリスピーと読む． 難しい操作を必要とせず，入力ファイルを準備するだけで以下の事が自動で行える． 構造生成 構造最適化のジョブの実行 構造最適化データの収集 機械学習による候補の選択 汎用機械学習ポテンシャルを用いたハイスループット探索 pip install csp-cryspyでインストールできる． 最新バージョン CrySPY 1.5.0 （2026年10月17日） ニュース [2026 October 17] CrySPY 1.5.0 released. Version information/version 1.5.0 EA-vcにおける組成制限 多価の原子種に対応した電荷中性条件 化合物を基準とした凸包プロット 新コマンド：cryspy-print，cryspy-extract-struc いくつかのバグ修正 [2025 October 6] CrySPY 1.4.3 released. Version information/version 1.4.3 Bug fix in EA-vc [2025 July 18] CrySPY 1.4.2 released. Version information/version 1.4.2 Supports VASP and QE for EA-vc Priority order of structure optimization input file names Job file auto-rewriting cryspy-skip subcommand cryspy-calc-convex-hull subcommand [2025 July 7] CrySPY 1.4.1 released. Version information/version 1.4.1 add_max, elim_max, and subs_max in EA-vc Charge neutral condition in EA-vc cryspy-Eplot subcommand [2025 June 17] CrySPY 1.4.0 released. Version information/version 1.4.0 組成可変型進化的アルゴリズム インタラクティブモード [2024 May 31] CrySPY 1.3.0 released. Version information/version 1.3.0 いくつか重要な変更あり．See version information. [2024 May 10] CrySPY 1.2.5 released. Version information/version 1.2.5 Bug fix [2024 May 7] (Document) FAQ page [2024 May 7] CrySPY 1.2.4 released. Version information/version 1.2.4 Bug fix [2024 April 24] (Document) Tutorial > Random Search (RS) > VASP [2023 October 21] CrySPY 1.2.3 released. Version information/version 1.2.3 Bug fix for MPI [2023 October 18] CrySPY 1.2.2 released. Version information/version 1.2.2 Enthalpy [2023 September 27] CrySPY 1.2.1 released. Version information/version 1.2.1 Bug fix for ASE interface [2023 August 8] (Document, Utility) Upload the example of CHGNET [2023 July 10] CrySPY 1.2.0 released. Version information/version 1.2.0 ASEインターフェース loggingの採用 [2023 June 14] CrySPY 1.1.1 released. Version information/version 1.1.1 バグ修正 [2023 May 16] CrySPY 1.1.0 released. Version information/version 1.1.0 MPI並列 (optional) 新しいLAQAスコア [2023 March 16] CrySPY 1.0.0 released. Version information/version 1.0.0 CrySPYがPyPIに登録されたので，pipでダウンロード可能に． Discussions Discussions in GitHub (質問やコメント)Hugojahttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/version_info/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/version_info/index.html目次 Version 1.5.0 Version 1.4.3 Version 1.4.2 Version 1.4.1 Version 1.4.0 Version 1.3.0 Version 1.2.5 Version 1.2.4 Version 1.2.3 Version 1.2.2 Version 1.2.1 Version 1.2.0 Version 1.1.1 Version 1.1.0 Version 1.0.0 Version 0.10.3 or earlierhttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/installation/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/installation/index.htmlメモ ワークステーションやスーパーコンピュータなどに (CrySPY + Python環境 + 構造最適化ソフト) が必要． 動作環境 Python 構造最適化ソフト find_wy（オプション） CrySPY CrySPY 1.3.0 or Later CrySPY 1.0.0–1.2.5 CrySPY 0.10.3 or Earlier CrySPYユーティリティ CrySPYユーティリティ（オプション）https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/command/index.htmlメインコマンド cryspy サブコマンド cryspy-Eplot（v1.4.1以降） cryspy-calc-convex-hull（v1.4.2以降） cryspy-skip（v1.4.2以降） cryspy-print（v1.5.0以降） cryspy-extract-struc（v1.5.0以降）https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/tutorial/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/tutorial/index.html情報 初心者の方はランダムサーチから始めると良い．Exampleファイルはこちら –> cryspy_utility. 目次 ランダムサーチ (RS) 進化的アルゴリズム（EA） 組成可変型進化的アルゴリズム（EA-vc） Bayesian Optimization (BO) LAQA 初期構造の読み込み 分子結晶の構造予測 Random Structure Generation with MPI インタラクティブモード (Jupyter Notebook)https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/interface/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/interface/index.html2025年7月12日　更新 CrySPYはエネルギー計算や構造最適化に外部のソフトウェアを利用する． 以下のソフトウェアを利用可能： 第一原理計算 VASP Quantum Espresso OpenMX (CrySPY 0.9.0 or later) 原子間ポテンシャル soiap LAMMPS その他（ASEに対応している機械学習ポテンシャルやその他ソフトが利用可能） ASE (CrySPY 1.2.0 or later) インタラクティブモード（ASE）（CrySPY 1.4.0 or later） 少なくともいずれか一つは必要． アルゴリズム互換性 1.4.2: EA-vc supports VASP RS EA EA-vc BO LAQA VASP ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ Quantum Espresso ✓ ✓ ✓ ✓ ✓ OpenMX ✓ ✓ × ✓ × soiap ✓ ✓ × ✓ ✓ LAMMPS ✓ ✓ × ✓ × ASE ✓ ✓ ✓ ✓ × Interactive (ASE) ✓ ✓ ✓ × × オプション互換性 energy_step_flag struc_step_flag force_step_flag stress_step_flag VASP ✓ ✓ ✓ ✓ Quantum Espresso ✓ ✓ ✓ ✓ OpenMX × × × × soiap ✓ ✓ ✓ ✓ LAMMPS × × × × ASE × × × ×https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/search_algo/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/search_algo/index.html目次 Random Search (RS) 進化的アルゴリズム (EA) Crossover Permutation Strain トーナメント選択 ルーレット選択 組成可変型進化的アルゴリズム (EA-vc) Crossover (vc) Addition Elimination Substitution Bayesian Optimization (BO) LAQAhttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/structure_generation/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/structure_generation/index.htmlCrySPY currently has three random structure generation modes: crystal (default), mol, and mol_bs. PyXtal (or find_wy) is used for the structure generation. 目次 struc_mode = crystal struc_mode = mol struc_mode = mol_bshttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/features/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/features/index.html目次 Logging バックアップ クリーン 初期構造の読み込み 原子間距離の制限 ジョブファイルの自動書き換え MPI並列化を用いた構造生成 Enthalpy Interactive Mode エネルギープロット 電荷中性条件 組成制限 計算のスキップhttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/input/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/input/index.html入力ファイルcryspy.inの解説. 目次 ファイル形式 [basic] Section [structure] Section [VASP] Section [QE] Section [OMX] Section [soiap] Section [LAMMPS] Section [ASE] Section [EA] Section [BO] Section [LAQA] Section [visual] Section [option] Section Kpointhttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/data_format/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/data_format/index.htmlCrySPYのデータは./data/pkl_data/ディレクトリに保存される．pklデータ解析用のJupyterノートブック（pkl_data.ipynb）も用意されている． 目次 Common Data Initial and Optimized Structure Data Result Data Random Search (RS) Evolutionary Algorithm (EA) Bayesian Optimization (BO) LAQA オプションデータ Energy Step Data Structure Step Data Force Step Data Stress Step Datahttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/cryspy_utility/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/cryspy_utility/index.htmlダウンロードに関してはこちらのページ： Installation/CrySPY Utility． Examples 様々なexamplesがCrySPY_utility/examples (GitHub)から入手可能． Scripts 役に立つスクリプトが CrySPY_utility/script (GitHub)にある． repeat_cryspy extract_struc.py (legacy) print_pkl.py (legacy) pos2pkl.py kpt_check.pyhttps://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/faq/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/faq/index.html目次 シミュレーションの途中でnjobを変えることはできますか？https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/logo/index.htmlMon, 01 Jan 0001 00:00:00 +0000https://tomoki-yamashita.github.io/CrySPY_doc/ja/logo/index.htmlPNG (Transparent Background) JPG