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CrySPYはconfigparserモジュールを用いて，入力ファイルcryspy.inを読み込む． cryspy.inは複数のセクションから構成され，各セクションは[section]で始まり，その下にname = valueまたはname : valueの形式でパラメータを記述する． セクション名と値は大文字・小文字を区別するが，パラメータ名は区別しない． #または;で始まる行は読み込み時に無視され，コメントとして使用できる． 真偽値（bool）は，1，yes，true，onがTrue，0，no，false，offがFalseとして読み込まれる． 真偽値を表す文字列では，大文字・小文字を区別しない． 一部のパラメータでは，複数の値を空白区切りで指定する．