CrySPY 0.10.3 or earlier

CrySPYのインストールはシンプルで，ダウンロードするだけで良い．

ダウンロード

CrySPYは任意の場所に置いて良い．ここでは例として~/CrySPY_root/CrySPY-x.x.x (x.x.x はバージョン番号)にダウンロードすることにする． gitコマンドを使うか，リリースページから圧縮ファイルをダウンロードする．

Git

mkdir ~/CrySPY_root
cd ~/CrySPY_root
git clone https://github.com/Tomoki-YAMASHITA/CrySPY.git CrySPY-x.x.x

zip or tar.gz file

zip または tar.gz ファイルをここからダウンロードする． GitHub release .
ダウンロードして展開したソースを~/CrySPY_root/CrySPY-x.x.xに置く．

ディレクトリ構成

~/CrySPY_root/CrySPY-x.x.x/のディレクトリ構成:

CrySPY-x.x.x
├── CHANGELOG.md
├── CrySPY/
│   ├── BO/
│   ├── EA/
│   ├── IO/
│   ├── LAQA/
│   ├── RS/
│   ├── __init__.py
│   ├── calc_dscrpt/
│   ├── f-fingerprint/
│   ├── find_wy/
│   ├── gen_struc/
│   ├── interface/
│   ├── job/
│   └── start/
│   └── utility.py
├── LICENSE
├── README.md
├── cryspy.py
├── docs/
├── example/
└── utility/

情報

cryspy.pyがメインスクリプト．

セットアップ (オプション)

find_wy (オプション)

find_wyを使う時は，find_wyの実行ファイルを（例えば）~/CrySPY_root/CrySPY-x.x.x/CrySPY/find_wy/以下に置く必要がある．つまり~/CrySPY_root/CrySPY-x.x.x/CrySPY/find_wy/find_wy.

cd ~/CrySPY_root/CrySPY-x.x.x/CrySPY/find_wy
cp ~/local/find_wy/find_wy .

cal_fingerprintのコンパイル (オプション)

ベイズ最適化を使う場合は，構造の記述子を計算するためのプログラムであるcal_fingerpirntをコンパイルする必要がある．

cd ~/CrySPY_root/x.x.x/CrySPY/f-fingerprint
emacs Makefile
make

cal_fingerprintの実行ファイルが例えば~/CrySPY_root/x.x.x/CrySPY/f-fingerprint/以下にあるようにする．コンパイルすれば自動的にそうなるはず．