1. CrySPY>
  2. インストール
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インストール

メモ

ワークステーションやスーパーコンピュータなどに (CrySPY + Python環境 + 構造最適化ソフト) が必要．

目次

  • 動作環境
    • Python
      • 構造最適化ソフト
        • find_wy (オプション)
        • CrySPY
          • CrySPY 1.3.0 or later
            • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
              • CrySPY 0.10.3 or earlier
              • CrySPYユーティリティ (オプション)
                CrySPY
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                  • Version 1.4.2
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                  • Version 1.4.0
                  • Version 1.3.0
                  • Version 1.2.5
                  • Version 1.2.4
                  • Version 1.2.3
                  • Version 1.2.2
                  • Version 1.2.1
                  • Version 1.2.0
                  • Version 1.1.1
                  • Version 1.1.0
                  • Version 1.0.0
                  • Version 0.10.3 or earlier
                • インストール
                  • 動作環境
                    • Python
                    • 構造最適化ソフト
                    • find_wy (オプション)
                  • CrySPY
                    • CrySPY 1.3.0 or later
                    • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
                    • CrySPY 0.10.3 or earlier
                  • CrySPYユーティリティ (オプション)
                • チュートリアル
                  • ランダムサーチ (RS)
                    • ASE on your local PC
                    • soiap on your local PC
                    • VASP
                    • QE
                    • OpenMX
                    • LAMMPS
                    • Check cryspy.in
                    • Script to run
                    • Firsrt run
                    • Submit job
                    • Check results
                    • Append structures
                    • 解析と可視化
                  • 進化的アルゴリズム（EA）
                    • ASE on your local PC
                    • 次世代の生成
                    • 結果の確認
                    • 解析と可視化
                  • 組成可変型進化的アルゴリズム（EA-vc）
                    • ASE on your local PC (Cu-Ag-Au)
                    • ASE-CHGNet（Cu-Au）
                    • VASP（Fe-Al）
                    • QE（Fe-Al）
                    • 次世代の生成
                    • 結果の確認
                    • 解析と可視化
                  • Bayesian Optimization (BO)
                  • LAQA
                  • Molecular crystal structure prediction
                  • Random structure generation with MPI
                  • インタラクティブモード (Jupyter Notebook)
                • インターフェース
                • 探索アルゴリズム
                  • Random search (RS)
                  • 進化的アルゴリズム (EA)
                    • Crossover
                    • Permutation
                    • Strain
                    • トーナメント選択
                    • ルーレット選択
                  • 組成可変型進化的アルゴリズム (EA-vc)
                    • Crossover (vc)
                    • Addition
                    • Elimination
                    • Substitution
                  • Bayesian optimizaion (BO)
                  • LAQA
                • 構造生成
                  • struc_mode = crystal
                  • struc_mode = mol
                  • struc_mode = mol_bs
                • 機能
                  • Logging
                  • バックアップ
                  • クリーン
                  • 原子間距離の制限
                  • ジョブファイルの自動書き換え
                  • MPI並列化を用いた構造生成
                  • Enthalpy
                  • As library
                  • Interactive mode
                  • 凸包の再プロット
                  • 電荷中性条件
                  • 計算のスキップ
                • 入力ファイル
                  • File format
                  • [basic] section
                  • [structure] section
                  • [VASP] section
                  • [QE] section
                  • [OMX] section
                  • [soaip] section
                  • [LAMMPS] section
                  • [ASE] section
                  • [EA] section
                  • [BO] section
                  • [LAQA] section
                  • [option] section
                  • Kpoint
                • データフォーマット
                  • Common data
                    • Initial and optimized structure data
                    • Result data
                  • Random Search (RS)
                  • Evolutionary algorithm (EA)
                  • Bayesian Optimization (BO)
                  • LAQA
                  • オプションデータ
                    • Energy step data
                    • Structure step data
                    • Force step data
                    • Stress step data
                • CrySPY utility
                  • repeat_cryspy
                  • extract_struc.py
                  • print_pkl.py
                  • pos2pkl.py
                  • kpt_check.py
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