Strain
概要
歪み（strain）は，親構造の格子に対して小さなランダムな変形を加えることで，新たな構造（子個体）を生成する進化的操作である． この操作により，原子の接続関係や組成を保持しつつ，構造空間の近傍領域を探索することが可能となる． 構造候補の微調整や，局所的な最小値からの脱出にも有効である．
手順
以下の歪み行列を用いて，格子ベクトル $ \mathbf{a} $を変形させる．
$$ \mathbf{a}' = \begin{pmatrix} 1 + \eta_1 & \frac{1}{2} \eta_6 & \frac{1}{2} \eta_5 \\ \frac{1}{2} \eta_6 & 1 + \eta_2 & \frac{1}{2} \eta_4 \\ \frac{1}{2} \eta_5 & \frac{1}{2} \eta_4 & 1 + \eta_3 \end{pmatrix} \mathbf{a}. $$ここで，
$ \eta_i $はガウス分布
$ \mathcal{N}\left( 0, \ \sigma_{\mathrm{st}}^2 \right) $から決まる値で，
$ \sigma_{\mathrm{st}} $は入力パラメーターsigma_stで指定できる（デフォルトはsigma_st = 0.5）．
下の図に示すように，格子を変形させた後は，元の体積に戻す．
最後に最小原子間距離の制限をチェックする．
