解析と可視化

凸包の自動プロット

EA-vcでは2元系および3元系の探索シミュレーションの場合，凸包のグラフは各世代の計算終了時に自動プロットされる． 自分でもっと編集したい場合はJupyterでカスタマイズできる． 4元系の時はJupyterを用いたplotly（pymatgenに必要なのでインストールされているはず）の可視化が利用可能． ここではいくつか例を示しておく．

2元系

上図は3世代まで探索した時の例で，赤文字は説明のために追加した． 凸包プロットに関する入力ファイルの設定は以下が関係する．括弧内はデフォルト値．

• show_max：y軸上限（0.2）
• label_stable：安定相の組成を表示するかどうか（True）
• vmax：右のカラーバーの最大値（0.2）
• bottom_margin：最小値とy軸下限の間のマージン（0.02）．
• fig_format：図のファイルフォーマット．svg, png, pdfに対応．（svg）

マーカー上の十字の印は最新世代の探索結果を示している．

3元系

上図は3世代まで探索した時の例で，赤文字は説明のために追加した． 凸包プロットに関する入力ファイルの設定は以下が関係する．括弧内はデフォルト値．

• show_max：hull distanceがshow_max以下のものだけをプロット（0.2）
• label_stable：安定相の組成を表示するかどうか（True）
• vmax：右のカラーバーの最大値（0.2）
• bottom_margin：3元系では無関係
• fig_format：図のファイルフォーマット．svg, png, pdfに対応．（svg）

マーカーの十字の印は最新世代の探索結果を示している．

データのダウンロード

ここでは，CrySPYのデータをローカルPCで解析・可視化することを前提としている． CrySPYをスーパーコンピュータやワークステーションで使用している場合は，データをローカルPCにダウンロードすること． work や backup ディレクトリは，ファイルサイズが非常に大きくなる可能性があるため，不要であれば削除してよい．

Jupyter notebook

先ほどダウンロードした結果の中にある data/ ディレクトリに移動する． その後，CrySPY utilityがローカルにダウンロード してある場合は cryspy_analyzer_EA-vc.ipynb をコピーする． またはGitHubから直接ダウンロードしてくる（CrySPY_utility/notebook/）．

Jupyter notebookファイルには，CrySPYのコードと同じ関数が書かれており，自由に凸包のプロットをカスタマイズできる． 適宜順番に実行していき，下記のどちらかを選ぶと自動プロットと同じものが得られる

• Binary system, matplotlib
• Ternary system, matplotlib

途中にある

• Interactive plot using Plotly

では，2元系，3元系および4元系において，Plotlyを用いたインタラクティブプロットができる． プロット例はCrySPY > チュートリアル > インタラクティブモード（Jupyter Notebook） #Interactive plot using Plotlyを参考にすること．