1. CrySPY>
  2. チュートリアル
  • 目次

チュートリアル

情報

初心者の方はランダムサーチから始めると良い．Exampleファイルはこちら –> cryspy_utility.

目次

  • ランダムサーチ (RS)
  • Evolutionary Algorithm (EA)
  • Bayesian Optimization (BO)
  • LAQA
  • Molecular crystal structure prediction
  • Random structure generation with MPI
CrySPY
  • Home
  • CrySPYについて
    • 結晶構造探索
    • 探索アルゴリズム
    • インターフェース
    • ロゴ
  • バージョン情報
    • Version 1.3.0
    • Version 1.2.5
    • Version 1.2.4
    • Version 1.2.3
    • Version 1.2.2
    • Version 1.2.1
    • Version 1.2.0
    • Version 1.1.1
    • Version 1.1.0
    • Version 1.0.0
    • Version 0.10.3 or earlier
  • インストール
    • 動作環境
      • Python
      • 構造最適化ソフト
      • find_wy (オプション)
    • CrySPY
      • CrySPY 1.3.0 or later
      • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
      • CrySPY 0.10.3 or earlier
    • CrySPYユーティリティ (オプション)
  • チュートリアル
    • ランダムサーチ (RS)
      • ASE in your local PC
      • soiap in your local PC
      • VASP
      • QE
      • OpenMX
      • LAMMPS
      • External program
      • Check cryspy.in
      • Script to run
      • Firsrt run
      • Submit job
      • Check results
      • Append structures
      • Analysis and visualization
      • Load external data
    • Evolutionary Algorithm (EA)
    • Bayesian Optimization (BO)
    • LAQA
    • Molecular crystal structure prediction
    • Random structure generation with MPI
  • 探索アルゴリズム
    • LAQA
  • 構造生成
    • struc_mode = crystal
    • struc_mode = mol
    • struc_mode = mol_bs
  • 機能
    • Logging
    • バックアップ
    • クリーン
    • Restriction on interatomic distances
    • ジョブファイルのCrySPY_ID
    • MPI並列化を用いた構造生成
    • Enthalpy
    • As library
  • 入力ファイル
    • File format
    • [basic] section
    • [structure] section
    • [VASP] section
    • [QE] section
    • [OMX] section
    • [soaip] section
    • [LAMMPS] section
    • [ASE] section
    • [EA] section
    • [BO] section
    • [LAQA] section
    • [option] section
    • Kpoint
  • データフォーマット
    • Common data
      • Initial and optimized structure data
      • Result data
    • Random Search (RS)
    • Evolutionary algorithm (EA)
    • Bayesian Optimization (BO)
    • LAQA
    • オプションデータ
      • Energy step data
      • Structure step data
      • Force step data
      • Stress step data
  • CrySPY Utility
    • Examples
      • ase_chgnet_Sr4Co4O12
      • ase_Cu8_RS
      • soiap_Si8_RS
      • soiap_Si8_RS_mindist
      • vasp_Na8Cl8_RS
      • vasp_Sr4O4_RS_pv_term
      • qe_Si8_RS
      • qe_benzene_2_RS_mol
      • qe_Sr4O4_RS_pv_term
      • qe_Si16_LAQA
    • Scripts
      • extract_struc.py
      • pos2pkl.py
      • kpt_check.py
      • repeat_cryspy
      • print_pkl.py
  • FAQ
    • シミュレーションの途中でnjobを変えることはできますか？
リンク
  • GitHub repo
  • GitHub discussions
  • CrySPY utility
  •  
  •