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チュートリアル

情報

初心者の方はランダムサーチから始めると良い．Exampleファイルはこちら –> cryspy_utility.

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  • ランダムサーチ (RS)
  • 進化的アルゴリズム（EA）
  • 組成可変型進化的アルゴリズム（EA-vc）
  • Bayesian Optimization (BO)
  • LAQA
  • Molecular crystal structure prediction
  • Random structure generation with MPI
  • インタラクティブモード (Jupyter Notebook)
CrySPY
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    • Version 1.1.0
    • Version 1.0.0
    • Version 0.10.3 or earlier
  • インストール
    • 動作環境
      • Python
      • 構造最適化ソフト
      • find_wy (オプション)
    • CrySPY
      • CrySPY 1.3.0 or later
      • CrySPY 1.0.0 -- 1.2.5
      • CrySPY 0.10.3 or earlier
    • CrySPYユーティリティ (オプション)
  • チュートリアル
    • ランダムサーチ (RS)
      • ASE on your local PC
      • soiap on your local PC
      • VASP
      • QE
      • OpenMX
      • LAMMPS
      • Check cryspy.in
      • Script to run
      • Firsrt run
      • Submit job
      • Check results
      • Append structures
      • 解析と可視化
    • 進化的アルゴリズム（EA）
      • ASE on your local PC
      • 次世代の生成
      • 結果の確認
      • 解析と可視化
    • 組成可変型進化的アルゴリズム（EA-vc）
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      • ASE-CHGNet（Cu-Au）
      • VASP（Fe-Al）
      • QE（Fe-Al）
      • 次世代の生成
      • 結果の確認
      • 解析と可視化
    • Bayesian Optimization (BO)
    • LAQA
    • Molecular crystal structure prediction
    • Random structure generation with MPI
    • インタラクティブモード (Jupyter Notebook)
  • インターフェース
  • 探索アルゴリズム
    • Random search (RS)
    • 進化的アルゴリズム (EA)
      • Crossover
      • Permutation
      • Strain
      • トーナメント選択
      • ルーレット選択
    • 組成可変型進化的アルゴリズム (EA-vc)
      • Crossover (vc)
      • Addition
      • Elimination
      • Substitution
    • Bayesian optimizaion (BO)
    • LAQA
  • 構造生成
    • struc_mode = crystal
    • struc_mode = mol
    • struc_mode = mol_bs
  • 機能
    • Logging
    • バックアップ
    • クリーン
    • 原子間距離の制限
    • ジョブファイルの自動書き換え
    • MPI並列化を用いた構造生成
    • Enthalpy
    • As library
    • Interactive mode
    • 凸包の再プロット
    • 電荷中性条件
    • 計算のスキップ
  • 入力ファイル
    • File format
    • [basic] section
    • [structure] section
    • [VASP] section
    • [QE] section
    • [OMX] section
    • [soaip] section
    • [LAMMPS] section
    • [ASE] section
    • [EA] section
    • [BO] section
    • [LAQA] section
    • [option] section
    • Kpoint
  • データフォーマット
    • Common data
      • Initial and optimized structure data
      • Result data
    • Random Search (RS)
    • Evolutionary algorithm (EA)
    • Bayesian Optimization (BO)
    • LAQA
    • オプションデータ
      • Energy step data
      • Structure step data
      • Force step data
      • Stress step data
  • CrySPY utility
    • repeat_cryspy
    • extract_struc.py
    • print_pkl.py
    • pos2pkl.py
    • kpt_check.py
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    • シミュレーションの途中でnjobを変えることはできますか？
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