QE

2025年3月6日更新

このチュートリアルでは，PBSなどのジョブスケジューラーを備えたPCクラスターを想定してCrySPYを試す．第一原理計算のQUANTUM ESPRESSOを用いて，Si 8原子の構造探索を行う．

Assumption

ここでは次のような条件を想定している：

CrySPY job command: qsub
CrySPY job filename: job_cryspy
QE executable file: /usr/local/qe-6.5/bin/pw.x
QE input filename: pwscf.in
QE output filename: pwscf.out

Input files

どこか適当なワーキングディレクトリに移動して，まずはexampleをコピーしてくる．下記のどちらからコピーしてきても良い．

Download from CrySPY_utility/examples/qe_Si8_RS
Copy from CrySPY utility that you installed

cd QE_RS_Si8
tree

.
├── calc_in
│   ├── job_cryspy
│   ├── pwscf.in_1
│   └── pwscf.in_2
└── cryspy.in

cryspy.in

cryspy.inはCrySPYの入力ファイル．

[basic]
algo = RS
calc_code = QE
tot_struc = 5
nstage = 2
njob = 2
jobcmd = qsub
jobfile = job_cryspy

[structure]
atype = Si
nat = 8

[QE]
qe_infile = pwscf.in
qe_outfile = pwscf.out
kppvol =  40  80

[option]

[basic] セクションのjobcmd = qsubは環境に合わせて変更する． CrySPYは内部でバックグラウンドジョブとしてqsub job_cryspyを実行する．

構造最適化計算はステージ制を採用しており，ここではnstage = 2を用いている．例えば，最初のステージでは，セルを固定し内部座標だけ緩和する設定で，k点も少ない計算を実行し，2ステージ目でセルも含めてフルに構造緩和して，精度も高めるようなことが可能となっている．

QEを使う場合は，[QE]セクションが必要．ここでは各ステージにおけるk点のグリッド密度（Å^-3）をkppvolに指定する必要がある．

情報

kppvolの詳細はこちら –> Input file > Kpoint

下記のファイル名は好きなように変えても良い．

jobfile
qe_infile
qe_outfile

他のインプット変数に関しては後ほど説明する．

calc_in directory

ジョブファイルやQEのインプットをこのディレクトリに置く．

Job file

ジョブファイルの名前はcryspy.inのjobfileに一致させる必要がある．ジョブファイルの例は下記の通り．

#!/bin/sh
#$ -cwd
#$ -V -S /bin/bash
####$ -V -S /bin/zsh
#$ -N Si8_CrySPY_ID
#$ -pe smp 20
####$ -q ibis1.q
####$ -q ibis2.q

mpirun -np $NSLOTS /path/to/pw.x < pwscf.in > pwscf.out


if [ -e "CRASH" ]; then
    sed -i -e '3 s/^.*$/skip/' stat_job
    exit 1
fi

sed -i -e '3 s/^.*$/done/' stat_job

/path/to/pw.xは環境に合わせて変更する．入力（pwscf.in）出力（pwscf.out）ファイルの名前は好きに変えて良いが，cryspy.inのqe_infileとqe_outfileに合わせる必要がある．普段VASPのジョブを流しているジョブファイルを使えば良い．ただし，CrySPYではジョブファイルの最後の行はsed -i -e '3 s/^.*$/done/' stat_jobとしておくルールになっている．

メモ

ジョブファイルの最後の行はsed -i -e '3 s/^.*$/done/' stat_jobと書いておく．

ヒント

CrySPYのジョブファイルのCrySPY_IDという文字列は自動的に構造IDに置き換わるようになっている． PBSやSLURMといったジョブスケジューラーを使う場合，ジョブ名にCrySPY_IDと書いておくとどの構造のジョブなのかが分かり便利である．例えば，PBSでは#PBS -N Si_CrySPY_IDのように書いておくと，ジョブをサブミットする際，#PBS -N Si_10のように置き換わる．注意点として，ジョブ名を数字から始めるとエラーとなることが多いので，Si_のように何か文字列を頭につけておくこと．

Input for QE

ステージ数(nstage in cryspy.in)に応じた数のインプットファイルが必要となる．インプットファイル名の語尾に_xをつけて準備する．ここでxはステージ数．

今はnstage = 2を用いているので，pwscf.in_1とpwscf.in_2が必要となる．ここでは，pwscf.in_1はセルを固定して内部座標だけ緩和する設定，pwscf.in_2はセルも含めてフルに緩和する設定になっている．

pwscf.in_1

 &control
    title = 'Si8'
    calculation = 'relax'
    nstep = 100
    restart_mode = 'from_scratch',
    pseudo_dir = '/usr/local/pslibrary.1.0.0/pbe/PSEUDOPOTENTIALS/'
    outdir='./out.d/'
 /

 &system
    ibrav = 0
    nat = 8
    ntyp = 1
    ecutwfc = 44.0
    occupations = 'smearing'
    degauss = 0.01
 /

 &electrons
 /

 &ions
 /

 &cell
 /

ATOMIC_SPECIES
  Si  28.086  Si.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF

pwscf.in_2

 &control
    title = 'Si8'
    calculation = 'vc-relax'
    nstep = 200
    restart_mode = 'from_scratch',
    pseudo_dir = '/usr/local/pslibrary.1.0.0/pbe/PSEUDOPOTENTIALS/'
    outdir='./out.d/'
 /

 &system
    ibrav = 0
    nat = 8
    ntyp = 1
    ecutwfc = 44.0
    occupations = 'smearing'
    degauss = 0.01
 /

 &electrons
 /

 &ions
 /

 &cell
 /

ATOMIC_SPECIES
  Si  28.086  Si.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF

pseudo_dirは各自の環境に合わせて変更する． Inputs for structure data and k-point such as インプットファイルのATOMIC_POSITIONSとK_POINTSはCrySPYがpymatgenを用いて自動生成するのでユーザーが書く必要はない．

CrySPY実行

ここまで準備ができたらCrySPY実行に進む．