Submit job
2024年4月21日更新，日本語化
計算再開
CrySPYはcryspy.statファイルがあれば自動的に計算を再開する．
ヒント
crypy.statがあれば続きから再開．
はじめから計算をしたければcryspy.statを削除する．
ジョブの投入
cryspyをもう一度実行する．
cryspy
画面かlog_cryspyファイルに下記のように出力される．
[2023-07-10 18:52:51,859][cryspy_restart][INFO]
Restart CrySPY 1.2.0
[2023-07-10 18:52:51,869][ctrl_job][INFO] # ---------- job status
[2023-07-10 18:52:51,904][ctrl_job][INFO] ID 0: submit job, Stage 1
[2023-07-10 18:52:51,931][ctrl_job][INFO] ID 1: submit job, Stage 1
cryspy.statでステータスが確認できる．
...
(omit)
...
[status]
id_queueing = 2 3 4
id 0 = Stage 1
id 1 = Stage 1
cryspy.inでnjob = 2に設定されているので，CrySPYは構造ID 0と1の二つのジョブをサブミットした．
計算はworkディレクトリの中で行われる．各構造IDのディレクトリが作られる．
tree -d work
work
├── 000000
├── 000001
└── fin
二つのジョブが終了したら，もう一度cryspyを実行する．
cryspy
[2023-07-10 18:55:01,053][cryspy_restart][INFO]
Restart CrySPY 1.2.0
[2023-07-10 18:55:01,058][ctrl_job][INFO] # ---------- job status
[2023-07-10 18:55:01,058][ctrl_job][INFO] ID 0: Stage 1 Done!
[2023-07-10 18:55:01,093][ctrl_job][INFO] collect results: E = -0.00696997755502915 eV/atom
[2023-07-10 18:55:01,132][ctrl_job][INFO] ID 1: Stage 1 Done!
[2023-07-10 18:55:01,133][ctrl_job][INFO] collect results: E = 0.4934076667166454 eV/atom
[2023-07-10 18:55:01,144][cryspy][INFO]
recheck 1
[2023-07-10 18:55:01,145][ctrl_job][INFO] # ---------- job status
[2023-07-10 18:55:01,153][ctrl_job][INFO] ID 2: submit job, Stage 1
[2023-07-10 18:55:01,161][ctrl_job][INFO] ID 3: submit job, Stage 1
もしnstage = 2のようにnstageを2以上に設定していれば，ID 0と1のstage 2のジョブがサブミットされる．
今回はnstage = 1なので，ID 0と1の計算データを収集して，次のIDのジョブをサブミットする．
計算が終わった構造のディレクトリはfinディレクトリに移動される．
5構造全ての計算が終わるまでcryspyを繰り返し実行する．
すべての計算が終わって，計算結果の詳細が必要なければworkディレクトリを削除しても良い．
何度も何度もcryspyを繰り返し実行する時は，自動スクリプト（repeat_cryspy）が役に立つ．