VASP

2025年7月12日　更新

このチュートリアルでは，PBSなどのジョブスケジューラーを備えたPCクラスターを想定してCrySPYを試す．第一原理計算のVASPを用いて，Na8Cl8（16原子）の構造探索を行う．

Assumption

ここでは次のような条件を想定している：

CrySPY 1.2.0 or later in your PC cluster
CrySPY job command: qsub
CrySPY job filename: job_cryspy
executable file, vasp_std in your PC cluster

Input files

どこか適当なワーキングディレクトリに移動して，まずはexampleをコピーしてくる．下記のどちらからコピーしてきても良い．

Download from Cryspy_utility/examples/vasp_Na8Cl8_RS
Copy from CrySPY utility that you installed

cd vasp_Na8Cl8_RS
tree

.
├── calc_in
│   ├── 1_INCAR
│   ├── 2_INCAR
│   ├── POTCAR_dummy
│   └── job_cryspy
└── cryspy.in

cryspy.in

cryspy.inはCrySPYの入力ファイル．

[basic]
algo = RS
calc_code = VASP
tot_struc = 5
nstage = 2
njob = 2
jobcmd = qsub
jobfile = job_cryspy

[structure]
atype = Na Cl
nat = 8 8
mindist_1 = 2.5 1.5
mindist_2 = 1.5 2.5

[VASP]
kppvol = 40 80

[option]

[basic] セクションのjobcmd = qsubは環境に合わせて変更する． CrySPYは内部でバックグラウンドジョブとしてqsub job_cryspyを実行する．下記のファイル名は好きなように変えても良い．

jobfile

構造最適化計算はステージ制を採用しており，ここではnstage = 2を用いている．例えば，最初のステージでは，セルを固定し内部座標だけ緩和する設定で，k点も少ない計算を実行し，2ステージ目でセルも含めてフルに構造緩和して，精度も高めるようなことが可能となっている．

VASPを使う場合は，[VASP]セクションが必要．ここでは各ステージにおけるk点のグリッド密度（Å^-3）をkppvolに指定する必要がある．

情報

kppvolの詳細はこちら –> Input file > Kpoint

他のインプット変数に関しては後ほど説明する．

calc_in directory

ジョブファイルやVASPのインプットをこのディレクトリに置く．

Job file

ジョブファイルの名前はcryspy.inのjobfileに一致させる必要がある．ジョブファイルの例は下記の通り．

#!/bin/sh
#$ -cwd
#$ -V -S /bin/bash
####$ -V -S /bin/zsh
#$ -N Na8Cl8_CrySPY_ID
#$ -pe smp 20
####$ -q ibis1.q
####$ -q ibis2.q
####$ -q ibis3.q
####$ -q ibis4.q

# ---------- vasp
VASPROOT=/usr/local/vasp/vasp.6.4.2/bin
mpirun -np $NSLOTS $VASPROOT/vasp_std

VASPROOTは環境に合わせて変更する．普段VASPのジョブを流しているジョブファイルを使えば良い． ~~CrySPYではジョブファイルの最後の行はsed -i -e ‘3 s/^.*$/done/’ stat_jobとしておくルールになっている．~~ バージョン1.4.2からCrySPYがジョブファイルの末尾に自動的に下記を追記するようになった．（参考：機能 > ジョブファイルの自動書き換え）

# ---------- CrySPY
sed -i -e '3s/^sub.*/done/' stat_job

メモ

1.4.2より古いバージョンでは，ジョブファイルの最後の行はsed -i -e '3s/^sub.*/done/' stat_jobと書いておくルールになっている．自分でsedコマンド文を書いたジョブファイルを1.4.2以上のバージョンで使用しても2回実行されるだけなので問題はない．
上記sedコマンドの意味は，stat_jobというファイルの3行目のsubから始まる部分をdoneに変える処理．

ヒント

（詳細：機能 > ジョブファイルの自動書き換え）
CrySPYのジョブファイルのCrySPY_IDという文字列は自動的に構造IDに置き換わるようになっている． PBSやSLURMといったジョブスケジューラーを使う場合，ジョブ名にCrySPY_IDと書いておくとどの構造のジョブなのかが分かり便利である．例えば，PBSでは#PBS -N Si_CrySPY_IDのように書いておくと，ジョブをサブミットする際，#PBS -N Si_10のように置き換わる．注意点として，ジョブ名を数字から始めるとエラーとなることが多いので，Si_のように何か文字列を頭につけておくこと．

Input for VASP

ステージ数(nstage in cryspy.in)に応じた数のインプットファイルが必要となる．インプットファイル名の先頭にx_，または語尾に_xをつけて準備する．ここでxはステージ数．

CrySPYが探すインプットファイル名の優先順位は以下の通り．

x_INCAR
INCAR_x
INCAR

各ステージで共通のインプットを使用するのであればx_や_xを省略できる．

今はnstage = 2を用いているので，1_INCAR_1と2_INCARが必要となる．ここでは，1_INCARはセルを固定して内部座標だけ緩和する設定，2_INCARはセルも含めてフルに緩和する設定になっている．

1_INCAR

SYSTEM = NaCl
!!!LREAL = Auto
Algo = Fast
NSW = 40

LWAVE = .FALSE.
!LCHARG = .FALSE.

ISPIN =  1

ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1

IBRION = 2
ISIF = 2

EDIFF = 1e-5
EDIFFG = -0.01

2_INCAR

SYSTEM = NaCl
!!LREAL = Auto
Algo = Fast
NSW = 200

ENCUT = 341

!!LWAVE = .FALSE.
!!LCHARG = .FALSE.


ISPIN =  1

ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1

IBRION = 2
ISIF = 3

EDIFF = 1e-5
EDIFFG = -0.01

CrySPYはPOSCARとKPOINTSファイルを自動生成する． POTCARファイルはユーザーが準備する必要がある．このexampleに含まれているPOTCARは空のファイルなので，各自で準備すること．

警告

exampleに含まれているPOTCARは空のファイル．配布できない．

CrySPY実行

ここまで準備ができたらCrySPY実行に進む．